Существуют две мифологические версии рождения и происхождения Афродиты. Гесиод и Гомер рассказывают две противоречивые истории.

По версии Гомера, Афродита родилась обычным образом. Она была дочерью Зевса и морской нимфы Дионы.

По версии Гесиода, Афродита родилась в результате насилия. Коварный Кронос (ставший позже правителем титанов и отцом первого поколения олимпийцев) взял серп, отсек детородные органы своего отца Урана и бросил их в море. Их покрыла белоснежная пена, смешавшаяся со спермой, из чего и родилась Афродита, возникнув из морских волн совсем взрослой богиней.

Образ Афродиты, возникающей из пены морской, запечатлен на бессмертном полотне Боттичелли «Рождение Венеры». На его картине изображена грациозная и нежная обнаженная девушка, стоящая в раковине на морской волне среди ливня из роз, которые летящие боги ветров сдувают к берегу.

Согласно мифам, Афродита впервые ступила на берег то ли острова Киферы, то ли острова Кипр. Затем, сопровождаемая Эросом, она была доставлена на Олимп и стала прекраснейшей из богинь в сонме богов.

Многие из богов, сраженные ее красотой, соперничали как претенденты на ее руку и сердце. В отличие от других богинь, не выбиравших своих супругов или любовников (Персефона была похищена, Гера — соблазнена, Деметра — изнасилована), Афродита была свободна в своем выборе. Она выбрала Гефеста, хромого бога огня и кузнечного мастерства. Таким образом, отверженный сын Геры становится мужем Афродиты — и будет часто обманутым ею. Афродита и Гефест не имели детей. Их брак может представлять союз красоты и мастерства, из которого рождается искусство.

Своих любовников Афродита предпочитала выбирать из второго поколения олимпийцев — поколения сыновей, а не отцов (Зевса, Посейдона и Гадеса). Афродита имела долгую романтическую связь с Аресом, богом войны, от которого у нее было несколько детей. Другим ее любовником был Гермес, посланник богов, провожавший души в подземное царство, покровитель путников, воров и торговцев, изобретатель музыкальных инструментов и в то же время бог красноречия, изворотливости и обмана.

У Афродиты и Ареса было трое детей: дочь Гармония и два сына, Деймос (ужас) и Фобос (страх), сопровождавшие своего отца в битвах. Афродита и Арес представляют союз двух наименее контролируемых страстей — любви и войны, которые, будучи в совершенном равновесии, могли создавать гармонию.

Ребенком от союза Афродиты и Гермеса был бисексуальный бог Гермафродит, унаследовавший красоту их обоих, носивший оба их имени и обладавший половыми признаками обоих. Как символ, Гермафродит может представлять бисексуальность (эротическое влечение к обоим полам) или андрогинность (наличие в одном человеке всех качеств и способностей, традиционно рассматриваемых либо как мужские, либо как женские).

Согласно некоторым мнениям, Эрос, бог любви, был одним из сыновей Афродиты. Как и в случае Афродиты, представления о мифологическом зарождении и времени появления его в Космосе противоречивы. Гесиод утверждает, что Эрос был первичной силой в творении, присутствовавшей до титанов и олимпийцев. Эрос также рассматривался как бог, сопровождавший Афродиту, когда она возникла из моря. Однако более поздние мифы описывали его как сына Афродиты, рожденного без отца. Древние греки обычно изображали Эроса как молодого мужчину. Так поступали и римляне, называвшие его Амуром. Эрос, мифологически возникший как первичная сила, в дальнейшем стал терять свое значение, так что сегодня он представляет собой шаловливого младенца с луком и колчаном со стрелами, известного как Купидон.