Узнав о потерях, Кутузов не стал возобновлять на следующий день сражения. Даже в случае успеха и наступления его армии положение русских оставалось шатким. Они не располагали на участке от Москвы до Смоленска никакими запасами (все склады делались в Белоруссии, где вначале предполагалось вести войну).

Наполеон же имел за Смоленском крупные людские резервы. Поэтому Кутузов считал, что время для перехода в наступление ещё не пришло, и велел отступать. Правда, он надеялся на получение подкреплений и не исключал возможности дать уже у стен Москвы новый бой. Но надежды на подкрепления не оправдались, а выбранная для боя у города позиция оказалась невыгодной.

Русская армия, отошла к Горкам (где оставалось ещё одно укрепление), но в Филях 13-го сентября по новому стилю главнокомандующий русской армии, князь Михаил Иванович Кутузов, созвал военный совет.

В крестьянской избе созван был военный совет, который должен был решить участь Москвы. На совете присутствовали: фельдмаршал князь М. И. Кутузов; генералы: М. Б. Барклай-де-Толли, Л. Л. Беннигсен, М. И. Платов и Д. С. Дохторов; генерал-лейтенанты: граф А. И. Остерман-Толстой, Ф. П. Уваров, К. Ф. Багговут и П. П. Коновницын; генерал-майор и начальник главного штаба А. П. Ермолов и генерал-квартирмейстер полковник К. Ф. Толь. Позже приехал Н. Н. Раевский. Главнокомандующий предложил на обсуждение вопрос: ожидать ли неприятеля на невыгодной позиции, или уступить ему Москву. Мнения разделились. Члены совета начали спорить.

«Вечеру приехал я в армию на Фили, узнал, что князь Кутузов приглашал некоторых генералов на совещание, что делать, ибо на Поклонной горе драться нельзя, а неприятель послал в обход на Москву. Барклай предложил первый, чтобы отступить всей армией по Рязанской дороге через Москву. Остерман неожиданно был того же мнения противу Беннигсена и многих», – так записал родственник Льва Толстого по материнской линии Д. М. Волконский в своем дневнике первого сентября 1812-го года. (Этим дневником спустя полстолетия пользовался великий писатель при создании романа «Война и мир»).

Мнения разделились:

– за оставление Москвы высказались Кутузов, Барклай-де-Толли, Остарман-Толстой, Толь, Раевский;

– за сражение: Беннигсен, Дохтуров, Уваров, Коновницын, Ермолов.

«Кутузов прекратил споры, сказав: «С потерею Москвы ещё не потеряна Россия, доколь сохранена будет армия. Приказываю отступать… Знаю, что вся ответственность падает на меня, но жертвую собою для блага отечества». По свидетельству очевидца, Кутузову дорого стоило решиться на подобную жертву. Он не спал всю ночь…» («Отечественная история», Санкт-Петербург, 1895)

Сознавая правильность и необходимость отданного приказа об отступлении, Кутузов тяжело переживал сам факт оставления Москвы, каждый подлинный патриот переживал утрату столицы, но большинство понимало или вскоре поняло дальновидность этого шага мудрого фельдмаршала.

В донесении от 16-го сентября Кутузов пишет императору Александру I, что он оставил Москву: «я никак не мог отважиться на баталию, которой невыгоды имели бы последствием не только разрушение армии, но и кровопролитнейшую гибель и превращение в пепел самой Москвы». И, наконец, главное: «должен я был решиться попустить неприятеля войти в Москву, из коей все сокровища, арсенал и все почти имущества, как казённые так и частные, вывезены, и ни один почти житель в ней не остался». В следующей строке Кутузов пишет императору: «вступление неприятеля в Москву не есть ещё покорение России».

«Военный совет в Филях» (А. Д. Кившенко, 1880 г.)

Кутузов надеялся, что, сохранив и усилив свои войска, он заморит ослабевшую неприятельскую армию в опустевшей Москве.

По мере приближения неприятеля к Москве, многие жители спешили выбраться из неё. Важнейшие архивы, казённое имущество также были вывезены. Оставшиеся в городе граждане до последней минуты были уверены, что Москва не будет уступлена без боя, но на следующий день после совета в Филях Москва опустела.

Перед вступлением французов в Москву московский генерал-губернатор граф Ф. В. Ростопчин дал приказ – сначала запереть кабаки, а потом разбивать в кабаках бочки с вином: «К этой мере я должен был прибегнуть вследствие (появления) огромного числа мародёров, дезертиров, и мнимо раненных, которые со всех сторон прибывали в город; а одна уж приманка выпивки привлекла бы часть армии, которая и без того уже была слишком дезорганизована, и тысячи солдат, которых нельзя было сдержать силою, начали бы грабить город и, может быть, даже зажгли бы его прежде проходившей армии».

При подготовке к сдаче Москвы студенты и преподаватели Московского университета всю ночь грузили разное имущество, вывезли университетские деньги, коллекции, книги. Ростопчин также прислал на архиерейское подворье 300 подвод, которые затем были распределены московским архиепископом по храмам и монастырям для погрузки церковных святынь и ценностей, обоз отправился в Вологду утром 13-го сентября по новому стилю.

Ф. В. Ростопчин, «сначала возбуждавший москвичей к вооружённой защите Москвы, затем необыкновенно энергично хлопотал об оставлении ею и даже, говорят, приготовил людей к тому, чтобы зажечь город…» (профессор С. Ф. Платонов «Учебник русской истории для средней школы», Санкт-Петербург, 1895).

Перед отходом из Москвы Ростопчин, исполнив повеление фельдмаршала, приказал всем воинским командам и ведомствам, вывезти больных и раненых; полиции и жандармской команде отправиться во Владимир; разбить бочки с вином и сжечь на Москве-реке все барки с частным и казённым имуществом.

Рано утром русская армия снялась с лагеря и потянулась по извилистым улицам Москвы. Солдаты сначала думали, что их ведут в обход неприятеля, но скоро всё стало ясно: армия шла на рязанскую дорогу, вслед за армией из города двинулись и жители.

И здесь имел место следующий случай: московский гарнизон по приказу генерала (немца), командовавшего им, пошёл через город с музыкой. На неуместность этого обратил внимание Милорадович. Генерал ответил: «Если гарнизон при сдаче крепости получает дозволение выступать свободно, то выходит с музыкой, так сказано в регламенте Петра Великого». Милорадович вскричал: «Да разве есть в регламенте Петра Великого что-либо о сдаче Москвы? Прикажите замолчать вашей музыке».

14-го сентября русский арьергард Милорадовича тихо и в полном порядке прошёл всю Москву от Дорогомиловской заставы до Покровской заставы, а за ним по пятам в город вошёл первый отряд французов под командой генерала Себастиани… Инициатором перемирия был генерал Милорадович («Французы в Москве». В книге: «Отечественная война и русское общество», М. 1912).

Русский капитан Ф. Акифеев рассказал об истории заключения перемирия: Милорадович, опасаясь, что его части могут быть отрезаны от Москвы корпусами французский армии, подходящими к городу с других направлений, обратился к королю Неаполитанскому с предложением: если французы хотят занять Москву неразрушенной, то они должны дать возможность войскам Милорадовича выйти из неё спокойно с артиллерией и обозом. В противном случае Милорадович обещал перед Москвой и в Москве драться до последнего человека и вместо Москвы оставить одни развалены.

В результате достигнутой договорённости, «быстро и молчаливо шли обе армии одна за другой, часто прямо соприкасаясь. Оставшиеся в Москве жители не всегда даже могли отдать себе отчёт в том, что за каким-нибудь казачьим отрядом плотною стеною шли по московским улицам враги; некоторым только трубные сигналы, отличавшиеся от наших, да команда на иностранном языке открывала глаза на происходящее» (Ю. Готье).