В авторском свидетельстве метода Бутейко обозначены три основных заболевания, которые излечиваются посредством метода: бронхиальная астма, гипертония и стенокардия.

Метод Бутейко менее эффективен при изменениях органического характера (атеросклероз, моче– и желчно-каменная болезни, деформирующий остеоартроз, остеохондроз позвоночника и др.), однако у страдающих этими заболеваниями также отмечается значительное улучшение самочувствия. Метод Бутейко оправдывает себя и как профилактическое средство для предупреждения широкого спектра заболеваний (поскольку регулирует баланс кислорода и углекислого газа в организме).

Волевую ликвидацию глубокого дыхания нельзя использовать при заболеваниях, имеющих риск кровотечений, при инфекционных заболеваниях в остром периоде, а также при наличии очаговых инфекций.

Не следует сочетать метод ВЛГД с другими методами лечения. Однако лекарства, применяемые при симптоматических способах лечения, например для снятия приступов бронхиальной астмы, составляют исключение. Они могут использоваться на первой стадии обучения в уменьшенной в 2–3 раза дозе.

Методу Бутейко не рекомендуется обучать психически больных людей, так как им трудно сознательно контролировать дыхание.