Два года спустя, в марте 1938, в письме к Сталину Варга осмелился протестовать против массовых арестов политэмигрантов (РГАСПИ. Ф. 495. Оп. 73. Д. 48. Л. 96–99). Тем не менее, он уцелел во время террора 1930-х и лишь в 1940-е годы подвергся критике за свои экономические воззрения и принужден к самокритике.
