Близ Смоленска Игнатий был схвачен поляками и представлен королю Сигизмунду III, который предложил ему на выбор — или возвратиться в Москву, или остаться в польских владениях. Игнатий избрал последнее и пожелал поселиться в виленском Троицком монастыре, находившемся тогда во власти униатов. Здесь Игнатий, сочувствовавший и прежде унии, открыто принял ее от архимандрита Велямина Рутского, вскоре сделавшегося униатским митрополитом. В январе 1615 года король Сигизмунд пожаловал Игнатию на содержание его фольварк с приселками, принадлежавший Витебской архиерейской кафедре. В конце 1616 года польский королевич Владислав, вступив в пределы России, чтобы отвоевать себе царский престол, некогда ему предложенный, писал русским в своей грамоте (от 25 декабря): «Мы нашим царским походом к Москве спешим и уже в дороге, а с нами будут патриарх Игнатий да архиепископ Смоленский Сергий (находившийся в плену со взятия Смоленска)», хота, как известно, королевич не достиг своей цели. В Вильне оказывали Игнатию его новые единоверцы, то есть униаты, надлежащее уважение и даже позволяли иногда служить в кафедральной церкви. Скончался Игнатий около 1640 года. См.: Макарий (Булгаков). История Русской Церкви. Кн. 6. С. 104–105.