Если отбросить эмоции и взглянуть на эволюцию с доказательной стороны, то неожиданно окажется, что теория эволюции, сформулированная еще в 19 веке и «выдержавшая проверку временем» по утверждению ее сторонников, несмотря на научно-технический прогресс, по-прежнему базируется на «трех китах». Эти «киты» были впервые сформулированы рьяным последователем Ч. Дарвина – Эрнстом Геккелем. Эти доказательства известны под именем тройного параллелизма. В слегка модифицированном виде этот метод доказательств эволюции применяется и сегодня для реконструкции исторической судьбы организмов, иначе – филогенеза.

Геккель считал, что онтогенез (индивидуальное развитие организмов) в сжатой и ускоренной форме повторяет филогенез (историческое развитие вида). Для доказательства этого Геккелем был сформулирован биогенетический закон.

Однако опираться только на онтогенез, выстраивая родословные древа любой сложности, дело практически безнадежное. И здесь немалую роль играют палеонтологические свидетельства. Окаменевшие остатки организмов могут многое рассказать палеонтологам о реальных предках современных видов.

Кроме того, важное подспорье в восстановлении истории вида могут дать сравнительно анатомические изыскания. Сопоставляя морфологию скелетов и организмов разных групп животных можно прийти к пониманию общего характера изменчивости.