В январе 1953 г. П.С. Жемчужина была арестована уже в ссылке в связи с подготовкой процесса о сионистском заговоре. Арестантку вывези в Москву в Лефортовскую тюрьму. 10 марта 1953 г., на следующий день после похорон Сталина, она первой из всех еврейских фигурантов была освобождена по личному распоряжению Л. П. Берии.
