Трудности по дешифровке двух первых типов клинописи оказались всё же сущим пустяком по сравнению с теми осложнениями, которые возникли при чтении третьей части надписи, заполненной, как выяснилось, вавилонским идеографически–слоговым письмом. Один знак здесь обозначал и слог, и целое слово. Больше того, одним и тем же знаком могли передаваться различные слоги и даже различные слова. В качестве примера приведём простейший случай: слог, содержащий звук «р», мог быть передан шестью различными знаками, в зависимости от того, с какой гласной он соседствовал (ра, ар, ри, иp, ру, ур). Согласные выступали только в составе слога, тогда как гласные иногда фигурировали как отдельные знаки. Эту «двойственность» прочтения можно проиллюстрировать на таком примере: группа клинописных знаков, обозначающая имя царя — Набукудурриуцур (Навуходоносор), — прочитанная в соответствии со звучанием отдельных знаков, должна была бы читаться так: ан–па–ша–ду–шеш. Поэтому неудивительно, что никто не хотел верить, что когда–то кто–то мог изобрести столь запутанный способ письма. А смельчакам, допускавшим существование подобной системы письменности, расшифровка этих знаков, передающих всю многозначность мёртвого, давно забытого языка, казалась невозможной.

Между тем к середине XIX в. языкознание сделало большие успехи и лингвисты, исследующие структуру древних языков, уже имели за плечами немалый опыт. Дискуссии велись не только вокруг попыток расшифровать клинописные знаки III класса, но и вокруг их происхождения и характера языка, на котором был составлен этот текст. Исследователи задумались над тем, сколь древна клинопись и каким изменениям она подверглась за многовековой период своего существования. Совместными усилиями целого ряда учёных, среди которых прежде всего следует назвать имена Эдварда Хинкса, Уильяма Тальбота и Жюля Опперта, были преодолены огромные трудности в изучении вавилонского языка. Неоценимую помощь в этой работе оказали археологи, доставлявшие многочисленные таблички с надписями. Читать их могли уже и Раулинсон, и Хинкс, и Опперт, и Тальбот. В середине XIX в. человеческий гений одержал ещё одну победу: родилась новая наука — ассириология, занимающаяся изучением всего комплекса проблем, связанных с древней Месопотамией.

Как мы уже говорили, удивительная многозначность клинописи побудила учёных заняться вопросом о её происхождении. Само собой напрашивалось предположение, что письмо, которым пользовались семитские народы (вавилоняне и ассирийцы), было позаимствовано ими у какого–то другого народа несемитского происхождения. К этому выводу пришёл Хинкс в своём труде «О надписях из Хорсабада» (Хинкс, как и многие другие исследователи, считал руины Хорсабада остатками древней Ниневии). И  хотя язык этих надписей, по его мнению, следует считать семитским, сама форма их имеет совершенно иной характер и является индоевропейской по происхождению. Несемитским считает происхождение этой письменности и Раулинсон. В работе, опубликованной в том же, 1850 г., он выводит клинопись из Египта. Несмотря на то что Хинкс и Раулинсон сделали чересчур поспешные выводы, в скором времени опровергнутые наукой (например, вывод о «скифском» происхождении вавилонян), следует признать, что основная их мысль была правильной.