Родился в 1642 году в Линкольншире, претендовал на происхождение из самой старинной шотландской знати, но, кажется, никто не принимал его заявлений всерьез. Воспитывался в Кембридже, в 1672 году был избран в Королевское Общество; в первый раз встретился с Бойлом в следующем году. В 1689-1690 годах он сошелся с Джоном Локком и с очень загадочным человеком — Никола Фасио де Дюйе, женевским аристократом, который тогда разъезжал по Европе; его считали шпионом Людовика XIV и связанным со всеми деятелями науки его времени. Фасио де Дюйе становится близким другом Ньютона с самого своего приезда в Англию и остается им в течение всего следующего десятилетия.

Назначенный в 1696 году директором Королевского монетного двора, Ньютон устанавливает золотой стандарт, затем, в 1703 году, он был избран председателем Королевского Общества. Он заводит дружбу с молодым французским изгнанником-протестантом Жаном Дезагюлье, который станет одной из главных фигур молодого и пылкого европейского франкмасонства вместе с Джеймсом Андерсоном, шевалье Рамсеем и Чарльзом Рэдклиффом. Магистр масонской ложи в Хаге, он в 1731 году председательствует при посвящении первого европейского принца в «корпорацию»; это был Франциск, герцог Лотарингский, который после женитьбы на Марии-Терезии Австрийской становится императором Священной Римской империи.

Неизвестно, был ли Ньютон франкмасоном, но он был членом полумасонского учреждения «Gentleman's Club of Spalding», который объединил таких личностей, как Александер Поуп, Рэдклифф, Рамсей и Дезагюлье. Кроме того, он разделял некоторые идеи, свойственные франкмасонству, например, видеть в Ное больше, чем в Моисее источник всякой эзотерической мудрости. В 1689 году он начал работу над произведением, которое считается одним из самых значительных: хронологическое изучение древних монархий, где он хотел установить происхождение королевства и превосходство Израиля над различными культурами Античности. Согласно Ньютону, древний иудаизм был обладателем божественного знания, потерянного затем и скоррумпированного, но которое смогло просочиться до времен Пифагора, «музыка сфер» которого была метафорой закона о гравитации. Желая сформулировать точную научную методологию в целях датирования событий Писания и классических мифов, он видел в путешествии Ясона за Золотым Руном, как и другие масонские и эзотерические писатели, основную алхимическую аллегорию. Согласно герметической традиции, он пытался установить «соотношения» между музыкой и архитектурой и придавал большое значение форме и размерам Храма Соломона. Для Ньютона, как и для всех франкмасонов, они действительно скрывали некую алхимическую формулу, а старинные храмовые церемонии содержали в себе алхимические ритуалы.

Этот аспект личности Ньютона был для нас настоящим открытием. Конечно, в нем видели человека науки, который установил различие между теологией и физическими законами, но, кроме всего прочего, он предстал перед нами как ревностный сторонник оккультной традиции, религиозный человек в поисках божественного единства и сети соотношений, покрывающий природу. Так, через священную геометрию и нумерологию он должен был исследовать свойства, присущие форме и числу. Он также был упорным алхимиком, придающим большое значение своей работе и обладающим кроме уже упомянутых экземпляров розенкрейцерских манифестов более ста докладами по алхимии, один из которых был точной копией работы Никола Фламеля. Всю свою жизнь он занимался алхимией и обменивался мнениями на этот счет в письмах с Бойлом, Локком, Фасио де Дюйе и другими.

Если научный аспект личности Ньютона был менее ортодоксален, чем мы могли подумать вначале, то его религиозные взгляды также мало были таковыми. Он отрицал идею Троицы и деизм, бывший тогда в моде и имевший тенденцию к сведению космоса к большой машине, построенной небесным инженером. Он подвергал сомнению божественность Иисуса и собирал все документы, могущие это обосновать; он также подвергал сомнению подлинность Нового Завета, некоторые отрывки из которого он считал вставками V века. Наконец, глубоко заинтересованный первыми гностическими ересями, он посвятил исследование одной из них.

Под влиянием Фасио де Дюйе Ньютон испытывал живую симпатию к камизарам или «Севеннским пророкам», прибывшим в Лондон вскоре после 1705 года. Названные так из-за своих белых туник, они появились, как и катары, на юге Франции и, как и их предшественники, провозгласили приоритет «гнозиса», или прямого познания, над верой, которую требовал Рим. Как и катары, они сомневались в божественности Иисуса и, как и они, стали в XVIII веке объектом таких же грубых репрессий, подобных Альбигойскому крестовому походу XII века. Изгнанные из Лангедока, они нашли убежище в Женеве и в Лондоне.

За несколько недель до смерти Ньютон сжег большую часть своих бумаг и рукописей. Его современники с удивлением заметили, что он умер, не приняв последнего причастия.