Это первый из великих магистров Сиона, не принадлежащих ни к одной из генеалогий «документов Общины», и вместе с ним этот титул перестает быть исключительно семейной привилегией. Родился около 1330 года, в течение некоторого времени работает переписчиком в Париже. Таким образом он получил доступ ко многим редким книгам и, благодаря им, приобрел большие познания в живописи, поэзии, математике и архитектуре. Он также интересуется алхимией, кабалистической и герметической мыслью.

По собственному его рассказу, в 1361 году Фламель открывает алхимический трактат, который круто изменит всю его жизнь. Речь идет о «Священной книге еврея Авраама, Принца, Священника, Левита, Астролога и Философа из племени Иудейского, которое вследствие гнева Божьего было рассеяно среди галлов», предназначенной стать одним из самых знаменитых произведений западной эзотерической традиции. Оригинал, как говорили, находился в библиотеке Арсенала в Париже, и целые поколения юных алхимиков упорно, с религиозным пылом изучали ее многочисленные копии, но, как кажется, тщетно.

Фламель был погружен изучением трактата в течение двадцати одного года, но безуспешно. Наконец, во время путешествия по Испании в 1382 году он встречает в графстве Леон обращенного еврея, который растолковал ему этот трактат. С момента возвращения в Париж Фламель применяет свои знания на практике и успешно осуществляет свое первое алхимическое превращение в полдень семнадцатого января — вещая дата в истории Соньера и Ренн-ле-Шато.

Неизвестно, является ли рассказ Фламеля правдивым, но он становится сказочно богатым человеком, и в конце своей жизни он имел более тридцати домов и земельных участков только в одном Париже. Однако в течение своей жизни он оставался скромным человеком, которого не опьяняли ни деньги, ни власть, и большую часть своего богатства он истратил на добрые дела. Около 1413 года он основал и финансировал четырнадцать больниц, семь церквей и три часовни в Париже и столько же в Булони, бывшем графстве отца Годфруа Бульонского. Этот альтруизм еще более, чем его громкий успех, сделал его любимым потомками; еще в XVIII веке Исаак Ньютон очень почитал его, читая все его произведения, обильно аннотируя их и доходя даже до того, что переписал одну из них полностью.