Папюс родился в Испании 13 июля 1865 г. В 1887 г. он вошел в Теософическую Ассоциацию, которую покинул спустя год, чтобы создать свою собственную организацию, основанную на мартинистских принципах. В том же году он принял участие в создании «Кабалистического Ордена Розы и Креста» вместе с Пеладаном и Станисласом де Гуайтой. С ними же и с Вилье де Лиль-Аданом они основали также в 1889 г. журнал «Посвящение» В 1891 г. «Верховный Совет» ордена мартинистов был сформирован в Париже; Папюс стал его великим магистром. В это же самое время он помогал Дуанелю в создании Гностической Католической Церкви, затем он сам взял на себя управление им, когда Дуанель возвратился в Каркассон. В 1895 г. Папюс стал членом ордена Золотой Зари, его парижской ложи «Ахатоор»; в это время он уже был знаком с Эммой Кальве. В 1899 г. его друг Филипп из Лиона отправился в Россию, где при дворе императора основал ложу мартинистов, в следующем году Папюс присоединился к нему и быстро стал другом и доверенным лицом царя и царицы. Он предпринял много путешествий по России, последнее — в 1906 г., и, таким образом, имел случай познакомиться с Распутиным.
Позже Папюс стал великим магистром Восточного Ордена Храма и Ложи Мемфиса и Мизраима во Франции. Умер он 25 октябри 1916 г.
