Сайго прослеживал свое происхождение до известной воинской семьи — клана Кикути из провинции Хиго, расположенной в центре Кюсю. Кикути прославились тем, что они всегда верно служили императору и стойко защищали свою территорию от иноземных захватчиков. Клан впервые заявил о себе во время вторжения чжурчжэней на север Кюсю в 1019 году. Семья также отличилась в период монгольского нашествия на Японию в 1281 году, когда героизм Кикути Такэфуса (1245–1285) помог отразить атаки врага. Семья принимала активное участие и в «реставрации Кэмму» (1333–1335) — попытке императора Годайго восстановить императорскую власть, положив конец правлению Камакурского сёгуната. Конфликт между Годайго и сёгунатом возник из-за прав наследования императорского престола. В то время как Годайго требовал решить вопрос в пользу своего собственного наследника, сёгунат настаивал на сохранении достигнутого в тринадцатом веке компромисса, согласно которому две конкурирующие ветви императорского рода должны занимать престол по очереди. Годайго не захотел соблюдать эту договоренность и в 1331 году попытался нанести удар сёгунату, создав враждебный ему тайный блок, с участием могущественных феодальных домов и монастырей. Внук Такэфуса, Кикути Такэтоки, присоединился к заговору Годайго. Заговор был раскрыт, Такэ-токи убит, а Годайго схвачен и отправлен в ссылку на отдаленный остров Ики. Но, как ни парадоксально, эта неудача только помогла императору: сторонники Годайго, возмущенные плохим обращением с ним, перегруппировали свои силы и в 1333 году нанесли поражение войскам сёгуна.

Однако, придя к власти, Годайго проявил удивительную неблагодарность к своим недавним союзникам. После восстановления императорского правления он попытался укрепить центральную власть за счет привилегий воинского сословия. Хотя многие из его эдиктов казались на удивление новаторскими, он называл свою политику возвращением к восьмому веку — эпохе, предшествовавшей росту могущества провинциальных военных кланов. Проявив удивительную недальновидность, он объявил сёгуном собственного сына, наследного принца Моринага, оскорбив этим тех генералов, которые помогли ему вернуться на трон. Такое пренебрежительное отношение к воинским привилегиям лишило Годайго поддержки и подорвало его авторитет. В 1335 году Асикага Такаудзи, один из прежних союзников Годайго, изгнал его из Киото и посадил на трон члена конкурирующей ветви императорского рода. Тремя годами позже Такаудзи сам провозгласил себя сёгуном, основав сёгунат Асикага, вторую из трех династий сёгунов. Однако Кикути сохранили верность Годайго. Сын Такэтоки, Такэмицу (? —1373), продолжил поддерживать линию Годайго, известную как «Южная династия», и сражался вместе с сыном Годайго, Канэёси, против сёгуната Асикага, защищавшего интересы «Северной династии». Спор о наследовании императорского престола был решен в 1392 году, но решение стало победой Северной династии. Хотя две ветви императорского рода снова согласились по очереди наследовать престол, на практике Северная династия больше никогда не упускала контроль над престолом. Нынешний император Японии является потомком Северной династии. Южная династия практически полностью исчезла.

Несмотря на то что дело Годайго потерпело неудачу, оно стало настоящим пробным камнем для испытания верности императору. Нападение Асикага на Годайго стало символом предательства, и весь сёгунат Асикага был запятнан двуличностью своего основателя. Примечательно, что с точки зрения генеалогии Северная ветвь имела больше прав на престол, и данное обстоятельство стало причиной ожесточенных споров, вспыхнувших совсем недавно, в двадцатом столетии. Однако в дни Сайго существовало почти полное единомыслие во мнениях относительно Такаудзи Асикага. Независимо от того, претензии какой из сторон в споре за престол были наиболее обоснованными, Такаудзи предал своего господина, и не только последователи традиционного синтоистского учения, но и интеллектуалы-конфуцианцы называли его подлым узурпатором, олицетворением коварства и предательства.

Диспут по поводу борьбы Северной и Южной династий приобрел новое значение в последние годы правления режима Токугава. Для Сайго и его сторонников этот конфликт пятивековой давности, судя по всему, имел самое непосредственное отношение к их собственной борьбе. В 1860-х, когда императорский двор и сёгунат Токугава вступили в открытое столкновение по поводу иностранной политики, Асикага стал символом сёгунского высокомерия. Так, например 22/2/1863 сторонники императора ворвались в храм Тодзи в Киото и обезглавили статуи трех сёгунов из династии Асикага: Такаудзи, Ёсиакира и Ёсимицу. Головы объявились через несколько дней, выставленные для всеобщего обозрения у реки Камо, словно головы казненных преступников. Записка, прикрепленная к подставке, гласила: «Статуи этих трех негодяев постигла небесная кара за то, что при жизни они совершили наихудшее из всех зол». Для тех горожан, которые имели смутное представление об истории, вандалы поместили пояснительную записку на доске для публичных объявлений, где кроме краткой исторической справки содержалось и предупреждение, адресованное неназванным персонам, не повторять предательства Асикага. Если же эти личности не покаются и не «вернутся к древней практике содействия императорскому двору», то преданные трону самураи «накажут их за совершенные преступления». Обезглавленные статуи встревожили сёгунат Токугава, поскольку аналогия была для всех абсолютно прозрачной. Вандалы метафорически убили сёгуна и утрожали выйти за пределы метафоры.

Не существует твердых доказательств связи Сайго с кланом Кикути, но сам Сайго искренне верил в эту генеалогию. Во время своей ссылки на Амамиосима он начал использовать псевдоним Кикути Гэнго, недвусмысленно связывая себя с лоялистами четырнадцатого века. Друзья поддержали его выбор, начав надписывать свои письма к нему «великому правителю Кикути» (Кикути тайкун). Сайго не раз открыто связывал свою активность, направленную на поддержку императора, с защитой Годайго его сторонниками пятью веками ранее. Для человека, отправленного в ссылку собственным господином, мысль о родстве с Кикути была особенно утешительной. И Такэтоки, и Такэмицу совершали ошибки в своей жизни, но в конечном итоге они были признаны защитниками чести и справедливости. За счет родства с кланом Кикути Сайго мог несколько приуменьшить горечь от политического поражения и связать себя с полулегендарными героями. Родство с Кикути также усиливало приверженность Сайго императору и недоверие к сёгунату. Происхождение от Кикути превращало борьбу ц высокомерием сёгуната в дело семейной чести.