Стратегия Сайго предполагала широкую общественную поддержку, но он серьезно переоценил силу воздействия разрозненных восстаний. Его ожидания были чрезмерными, но не абсурдными. Даже командующий императорской армией Ямагата Аритомо был испуган перспективой массовых народных волнений. Однако Сайго почти ничего не сделал для того, чтобы усилить или организовать общественную поддержку. 2 марта Сайго написал Ояма Цунаёси, призывая его опубликовать признания шпионов, чтобы тем самым объяснить причины восстания. Но Сайго никогда не провозглашал свои цели и протесты, в силу чего народные восстания не стали достаточно крупными для того, чтобы повернуть ход битвы.

План Сайго предполагал быструю победу в Кумамото, и длинная осада оказалась на руку императорской армии. 9 марта правительство высадило свои войска в Кагосима и захватило контроль над всем военным имуществом, включая более четырех тысяч бочек с порохом. Они взяли под стражу губернатора Ояма и отправили его в Осака до конца войны. Императорская армия также направила в Кумамото многотысячное подкрепление, чтобы прорвать блокаду. В ответ мятежники направили часть своих войск на север от Узки, чтобы взять под контроль главную дорогу на Кумамото, и 3 марта армии встретились у Табарудзака, небольшой горы, расположенной в двадцати милях от замка. Дорога от Табарудзака до Кумамото проектировалась как часть внешнего кольца обороны. Дорога прорезала гребень горы, из-за чего она была расположена чуть ниже, чем окружающий ее лес, образующий два оборонительных рубежа. Гора не только служила естественным препятствием для начальной атаки, но и создавала густое, приподнятое над окружающей местностью прикрытие, позволяющее обороняющимся замедлять наступление атакующих войск с обеих сторон дороги. На протяжении восьми дней императорская армия пыталась выбить повстанцев с вершины горы, и сражение при Таба-рудзака стало решающим для всей войны. В нем принимало участие около десяти тысяч солдат с каждой из сторон, и в ходе ожесточенных столкновений стороны потеряли примерно по четыре тысячи человек. Хотя императорская армия еще не развернулась в полную силу, все равно она обладала значительным огневым превосходством, расходуя в ходе штурма более трехсот тысяч единиц боеприпасов для стрелкового оружия в день. Мятежники, напротив, страдали от недостатка боеприпасов, и, кроме того, их боеспособность была ослаблена капризами погоды. Проливной дождь делал бесполезными их заряжаемые с дула винтовки, а одежда из хлопка насквозь пропитывалась водой. Но они сражались мечами, увязая в грязи, и при этом напевали песенку о том, что они боятся дождя больше, чем пушек. Несмотря на такие тяжелые условия, повстанцы удерживали свои позиции до 20 марта, когда императорская армия прорвала их западный фланг и захватила гребень горы. Мятежники отступили на восток, до города Узки, где они удерживали свои позиции вплоть до 2 апреля. Героические усилия повстанцев задержали наступление императорской армии с севера, но это не принесло им особой пользы. 15 апреля императорская армия, наступая с юго-запада, разбила мятежников у Кава-сири и прорвала осаду замка Кумамото. За пятьдесят четыре дня осады гарнизон Кумамото потерял около 20 процентов солдат, и, поскольку запасы продовольствия в замке подходили к концу, офицеры уже строили планы самоубийственного прорыва. Как вспоминал командир гарнизона, увидев приближение правительственных войск, солдаты плакали так, «словно их дети воскресли из мертвых».

Сайго предвидел эти поражения месяцем ранее. 2 марта он все еще надеялся на то, что его сторонники в Тоса захватят Осака, после чего начнутся восстания по всей Японии, которые повлияют на ход войны. Однако к 12 марта его настроение полностью изменилось. Не прислушиваясь ни к чьим возражениям, Сайго настаивал на осаде Кумамото, а теперь осознал, что он «сам попал в их ловушку, схватив приманку, которой послужила осада замка». Враг приближался со всех сторон, угрожая постепенно ослабить его силы. Сайго еще не утратил всех надежд, но он сомневался в том, что кому-либо, будь это даже легендарный китайский воин Мэн Бень, который голыми руками вырывал рога из головы живого быка, теперь удастся повернуть вспять течение войны. Но, как утверждал Сайго, на самом деле это не имело для него большого значения. Он сражался не за победу, а за «возможность умереть ради принципа». Когда осада Кумамото была разорвана, Сайго отступил и вновь собрал своих людей у Хитоёси. Он стоял лагерем у Хитоёси с середины апреля до конца мая, надеясь получить подкрепление для своей ослабленной армии от симпатизирующих ему самураев из Тоса. Однако 27 мая, после трех недель мелких стычек с бунтовщиками, императорская армия начала генеральный штурм Хитоёси, и Сайго дал приказ к отступлению.

После отступления от Хитоёси характер боевых действий полностью изменился, и наступление повстанческой армии превратилось в длительное отступление. Между маем и сентябрем 1877 года императорская армия преследовала уменьшающиеся в размерах отряды мятежников вдоль и поперек Кюсю. Бунтовщики больше не пытались добраться до Токио, а хотели лишь ускользнуть от императорской армии и пробраться домой. Ввиду отсутствия боеприпасов многие из них отказались от огнестрельного оружия в пользу мечей, и они все чаще отдавали предпочтение партизанской тактике перед общепринятой. Рассредоточиваясь и перегруппировываясь, мятежники уменьшали численное превосходство врага, заставляя императорскую армию рассеивать собственные силы. Мятежники умело использовали особенности ландшафта, просачиваясь через горы и леса маленькими группами. Преследование началось в начале июня, после того, как Сайго направил основную часть своих сил на юг, в сторону селения Мияконодзё на полуострове Осуми, в то время как сам он прошел около пятидесяти миль на восток и в результате оказался на тихоокеанском побережье, у селения Миядзаки. Императорская армия пустилась в погоню и 24 июня разбила повстанцев около Мияконодзё, после чего повернула на север, чтобы начать преследование Сайго. Силы Сайго уходили от преследователей вдоль восточного побережья Кюсю до Нобэока, где 10 августа они подверглись массированной атаке со стороны правительственных войск. Императорская армия имела по меньшей мере шестикратное превосходство над оставшимися тремя тысячами солдат Сайго, но мятежники держали оборону целую неделю, после чего отступили в горы, на восток. Императорская армия сумела окружить Сайго на северных склонах пика Энодакэ, расположенного к северо-востоку от Нобэока. Ожидалось, что здесь будет положен конец войне. Джон Капен Хаббард, Капитан американского судна, зафрахтованного «Пароходной компанией Мицубиси» для транспортировки правительственных войск и припасов, присутствовал в Нобэока. 18 августа он услышал, что «мятежники полностью окружены и к вечеру с ними будет покончено». Однако на следующий день он узнал, что «Сайго и Кирино, вместе с другими лидерами… прорвались сквозь магический крут, как они уже не раз делали раньше». Сайго сбежал, прорубившись сквозь непроходимую чащу, и вновь привел в отчаяние императорскую армию. «Лично мне кажется, — продолжал Хаббард, — что до конца еще далеко». Повстанцы в конечном итоге будут побеждены, «но я думаю, потребуется время на то, чтобы их найти, и, вероятно, они появятся там, где их меньше всего ожидают». Хаббард был прав. Менее чем через две недели, 1 сентября, силы Сайго просочились обратно в Кагосима, город, оккупированный более чем семью тысячами императорских солдат. Бунтовщики собрались снова на гребне Сирояма, чтобы основать там свой последний рубеж.

Точная роль Сайго в этом примечательном отступлении остается тайной. Не сохранилось ни одного письма за период от 17 мая до 6 августа 1877 года, а немногие дошедшие до нас свидетельства очевидцев противоречат друг другу. Часто цитируемый дневник одного из современников говорит нам о том, что Сайго «скрывался» в своем штабе и редко показывался на людях. Однако, согласно другим показаниям, он любил оставлять своих телохранителей и пропадать в горах, охотясь на зайцев. Но это противоречит другим свидетельствам, которые утверждают, будто бы Сайго страдал от сильного паразитического воспаления в паху, из-за чего почти не мог ходить. Мысли Сайго также представляют для нас загадку, но очевидно, что к началу августа он уже смирился с поражением. 6 августа, на пуги к Но-бэока, он написал циркуляр для своих солдат. Они хорошо сражались на протяжении шести месяцев, но «когда мы уже находились на пороге победы, наш боевой дух ослаб, и теперь я сожалею о том, что в итоге мы все оказались в отчаянном положении». Сайго призывал своих людей не терять мужества и «не оставлять нашим потомкам причин для стыда». Сайго все еще сражался, но он уже приготовился к смерти.

Между тем популярная пресса подготовилась к кончине Сайго, отправив его заранее на небеса. 10 августа появилась гравюра Ханэда Томидзиро, изображающая толпу простолюдинов, которые молятся восшедшему на небеса Сайго. Ханэда использовал этот образ, чтобы предложить свои точные, но грубые комментарии по поводу быстрых культурных перемен. Например, монах на гравюре выражает благодарность за то, что государство Мэйдзи отменило традиционные буддистские ограничения, позволив ему наслаждаться мясом и женщинами. К несчастью, люди перестали заходить к нему в храм. «Пожалуйста, — обращается он к Сайго, — верни все вещи на прежние места, чтобы все было как раньше». Должно быть, эта гравюра продавалась хорошо, поскольку Ханэда через месяц использовал ту же самую идею, хотя теперь простолюдины были такими несчастными, что они пытались вернуть Сайго обратно на землю, притягивая его вниз при помощи веревок. На этой второй гравюре вымышленный торговец сожалеет о том, что отмена старых обычаев привела к падению спроса на традиционные праздничные товары. Лодочник жалуется на то, что строительство мостов и железных дорог лишает его средств к существованию.

В то время как взгляд Ханэда на Сайго был сатирическим, другие художники предложили более респектабельный, пусть даже и фантастический, образ Сайго. Например, 10 сентября появилась гравюра Цукиока Ёнэдзиро, на которой он изобразил, как правительственные чиновники пытаются сбить с неба звезду Сайго при помощи военного воздушного шара. Один из зрителей замечает, что благодаря своему величию Сайго способен стать звездой даже при жизни. Человек, стоящий рядом с ним, говорит, что все изменения на небесах являются отражением волнений, происходящих внизу. Третий наблюдатель, в свою очередь, заявляет, что изменения на небесах вызваны не мятежом (хоки) Сайго, а его революцией (иссин).

Тем временем, на земле, Сайго и около трех сотен оставшихся с ним человек рыли оборонительные укрепления вокруг гребня Сирояма. У них было мало еды, мало патронов и полностью отсутствовали медикаменты. Силы Ямагата окружили их позиции и начали регулярный артиллерийский обстрел, но Ямагата продолжал беспокоиться из-за того, что Сайго снова может от него уйти. Согласно легенде, 23 сентября Ямагата отправил Сайго письмо, где призывал его прекратить борьбу. Отважно сражаясь, Сайго уже отстоял свою честь, и новые сражения ничего ему не дадут. Ямагата не использовал слова «капитуляция» и не обещал проявить мягкость, а заявил, что он понимает истинные мотивы Сайго. Сайго ему не ответил, и в 3.55, на следующее утро, императорская армия начала последний штурм Сирояма.