На частоту наступления побочных эффектов влияет применяемый протокол. Эти результаты были получены при приёме налтрексона ещё не активно пьющими людьми. Когда налтрексон принимали люди с алкогольной зависимостью, не прошедшие предварительной алкогольной детоксикации, причём с протоколом, позволяющим употребление алкоголя с параллельным принятием препарата, жалобы на побочные эффекты снизились до уровня, который наблюдался при приёме плацебо (Heinälä etal., 2001).
