Система Диоклетиана была не единственной реальной силой в империи того времени: беспорядки и разрушения периода анархии привели к росту популярности христианского вероучения, несмотря на все предосторожности, принятые во время правления Деция и Валерия. При Диоклетиане христианами считало себя десять процентов населения страны, более того, это были очень важные десять процентов, поскольку эти люди отличались организованностью и пылкой верой в свои убеждения, в то время как языческое большинство относилось к религии прохладно, а то и равнодушно.

Причин роста количества христиан несколько: во-первых, разлад в мире заставлял думать о том, что близится конец света и скоро произойдет предсказанное второе пришествие Христа. Эта мысль поддерживала чувства верующих и поощряла колеблющихся вступить в их ряды. Затем, спад социальной жизни и все усиливающиеся трудности делали для них земную жизнь менее привлекательной, а обещание посмертной — напротив, более желанным. Таким образом, к христианам примкнули те, кто находил их видение загробного мира более подходящим для себя, чем обещания приверженцев других культов. И наконец, по мере того как Империя теряла свой престиж, церковь набирала силу и начала казаться многим якорем спасения в бушующем море.

С другой стороны, хотя христианская церковь и обрела новых последователей, у нее появились и новые трудности. Прежде она состояла исключительно из мечтателей, жаждущих мученической смерти, теперь же многие новообращенные были обычными людьми, жаждущими не подвигов, а спокойной, обыденной жизни. Они и делали христианство все более уравновешенным и, так сказать, респектабельным. Рядовые христиане хотели, чтобы как можно больше стало обрядов и почитаемых святынь, в холодном и пустом, абсолютном в своей неизменности монотеизме им не хватало драматизма. Так появилось и расцвело поклонение принципу женственности, воплощенному в матери Иисуса, Марии, а затем добавились различные святые и мученики, которые тоже стали объектами поклонения. Ритуалы в их честь, часто представлявшие собой несколько видоизменённые языческие обряды, становились все более сложными, и это также помогало распространению христианства, поскольку таким образом постепенно сглаживалась разница между христианством и языческими культами и людям становилось проще перейти от одного к другому.

Между тем, чем сложнее становились ритуалы и чем больше росло число сторонников христианской религии, тем больше находилось место для многообразных противоречий, так что разница становилась заметной не только от провинции к провинции, но и от церкви к церкви, более того, даже в одном храме могли найтись приверженцы различных точек зрения. Это неизбежно создавало почву для столкновений. Для непосвященных такие различия могли казаться небольшими и малозначимыми, не стоящими особого внимания, но для истинно верующих каждая крупица ритуала являлась ниточкой, связывающей их с небом, а любое отклонение грозило смертью в огненном аду. Таким образом, речь шла уже не просто о жизни и смерти; на карту было поставлено вечное блаженство или вечные муки, а в таком случае даже самая мельчайшая разница могла показаться огромной. Подобные вариации в выполнении обрядов могли бы привести к серьезным разногласиям и своего рода гражданской войне внутри церкви, которая разорвала бы ее на части и в конце концов уничтожила. Этого не произошло исключительно благодаря тому, что отцы церкви создали жесткую иерархию и вопросы веры и ритуала позволялось решать только священнослужителям высшего ранга. Так, все церкви и духовенство в определённом регионе подчинялись своему епископу (производная от греческого слова, обозначающего «надзиратель»), который имел власть решать все вопросы, связанные с религией. Можно задать вопрос: что же происходило в том случае, если один епископ не соглашался с другим? Безусловно, такое случалось достаточно часто, но уже к концу III столетия появился обычай собирать так называемые соборы (по-гречески synodos — встреча), на которых епископы могли встретиться и обсудить все спорные вопросы. Решено было, что все принятое на соборах должно быть обязательно для христианских священников, так чтобы все верующие могли принять единый образ мысли и следовать одинаковым правилам. Согласно этой точке зрения, могла существовать только одна, вселенская церковь, или, по-гречески, католическая. Таким образом, решение, принятое на соборе, являлось позицией всей церкви, а все остальное, соответственно, — ересью.

В принципе все епископы были равны, но на практике это было не совсем так: в крупных, густонаселенных городах было больше христиан и находились самые влиятельные церкви, которые привлекали к себе наиболее способных людей. Нетрудно догадаться, что епископами таких городов, как Антиохия или Александрия, были великие люди, искушенные в науке и литературе, сами пишущие многотомные сочинения и возглавляющие могущественные фракции на соборах.

Кроме всего прочего, в восточной части империи существовало несколько крупных городов, епископы которых часто были не согласны со своими собратьями. На Западе, где христиан в среднем было меньше и они имели меньше влияния до времени правления Диоклетиана, существовал только один влиятельный епископ: епископ Рима. В целом жители Запада были менее образованы, имели более слабые философские традиции и не были склонны вступать в религиозные споры. Ни один из тогдашних епископов Рима не был известным писателем или участником диспутов; это были мягкие, спокойные люди, не склонные защищать уже проигранное дело или принимать взгляды меньшинства, а это означало, что их, и только их, никогда не обвиняли в ереси. Они были ортодоксальны до мозга костей. Более того, вокруг Вечного города всё ещё витал ореол власти. Вне зависимости от того, находилось там правительство или нет, согласно общему убеждению, именно он был центром мира, и таким образом римские епископы для большинства являлись как бы церковным эквивалентом императора, и это особенно подчеркивалось тем, что, согласно легенде, первым епископом Рима был Петр, ученик Иисуса Христа. Таким образом, несмотря на то что по крайней мере в первые столетия после возникновения христианства римские епископы ничем особенно не выделялись, в особенности по сравнению с их коллегами из Александрии, Антиохии или Карфагена, будущее (по крайней мере, в основной части христианского мира) принадлежало им.

Диоклетиан, обдумывая положение дел в Империи, обратил внимание, что его власть подрывается и уменьшается растущим влиянием христианской церкви. Это беспокоило его, но ещё больше, согласно историческим данным, это беспокоило его цезаря и наследника, Галерия. По его настоянию в 303 г. император начал активную кампанию против всех христиан, однако более против церковных организаций, которых он по-настоящему боялся, чем против отдельных приверженцев религии. Церкви сравнивали с землей, кресты уничтожали, священные книги силой отбирали у епископов-хранителей и затем сжигали, а иногда, в тех случаях, если языческие толпы выходили из-под контроля, уничтожали и самих христиан. Естественно, во время этой кампании приверженцев христианской церкви сняли со всех государственных должностей, принудили оставить службу в армии или покинуть двор, не давали им нормально существовать. Это была хотя и самая жестокая, но зато последняя волна преследований христиан. Однако как бы то ни было, она не распространилась по всей империи; Констанций, известный своей мягкостью, не стал применять репрессии в своей части империи, несмотря на то что являлся солнцепоклонником, а не христианином.

Организация преследований христиан оказалась последним государственным деянием Диоклетиана. Он устал душой от тягот управления Империей, а неудачный визит в Рим вызвал у него глубокую депрессию. Вскоре после возвращения в Никомедию император заболел. Ему было уже около шестидесяти лет, и двадцать из них он правил, так что болезнь оказалась последней каплей: Диоклетиан поддался уговором Галерия, который жаждал сменить его на троне, и отрёкся от звания императора в 305 г. (1058 г. AUC). В истории человечества большая редкость случаи, когда правитель отказывается от власти только потому, что стар и устал, но все же они бывают, и Диоклетиан может служить примером такого явления.

Бывший император удалился в город Салона, поблизости от деревушки, где когда-то родился, и выстроил себе там дворец, в котором и провел последние восемь лет своей жизни. (В конечном счёте этот дворец разрушился, но после нашествия варваров, случившегося через триста лет после смерти Диоклетиана, некоторые люди перебрались в развалины и стали жить там. Вокруг первых строений возник город Спалатум, сейчас известный итальянцам как Спалато, а югославам как Сплит.)