В то время, когда Шакловитый висел на дыбе в Троицкой лавре и бояре, преданные Петру, допрашивали его под ударами кнута, в селе Медведкове, на реке Яузе, в семи верстах от Москвы, укрывался от гнева Петра князь Василий Васильевич Голицын, не принимавший никакого участия в действиях царевны Софьи со времени неудачной ее поездки к Петру. Голицын, которому в мечтах царевны Софьи приготовлялся царский венец, помышлял теперь о побеге в Польшу, но невозможность захватить с собою свои громадные богатства заставляла колебаться и без того не слишком решительного боярина.

С ужасом узнал он, что Петр, хотевший пощадить Шакловитого, приказал, по настоянию патриарха, отрубить ему голову и что такой же казни, и тоже по требованию святейшего владыки, подверглись перед монастырем на московской дороге стрелецкие головы Петров и Чермный и трое рядовых стрельцов, выданные своими подчиненными и своими товарищами. У крыльца царских палат, при многочисленном народе, думный дьяк объявил Голицыну о лишении его самого и его сына чести боярства, отписке их имущества на государя и о ссылке их с женами и детьми в Каргополь.

Софья осталась теперь одинока, и как правительница и как женщина; самые преданные ей и самые любимые ею люди были у нее отняты. Софья поняла, что конец ее власти близится. Противники ее действовали смело и неутомимо.

«Вручен скипетр правления прародительского нашего Российского царства, — писал в Москву из Троицкой лавры царь Петр своему брату Ивану, — двум особам, а о третьей особе, чтобы быть с нами в равенственном правлении, отнюдь не вспоминалось, а как сестра наша, царевна Софья Алексеевна, государством нашим учала владеть свою волею, и в том владении, что явилось особам нашим противное, а народу тягость, о том тебе, государь, известно. А теперь, государь-братец, настоит время нашим особам Богом врученное нам царствие править самим, понеже мы пришли есьми в меру возраста своего, и третьему, зазорному лицу, сестре нашей, с нашими двумя мужескими особами в титлах и расправе быти не изволяем, на то бы и твоя, государя моего брата, воля склонилась, потому что учала она в дела вступать и в титлах писаться без нашего изволения, к тому же еще и царским венцом для конечной нашей обиды венчаться хотела. Срамно, государь, при нашем возрасте тому зазорному лицу государством владеть мимо нас. Тебя, государя-брата, яко отца, почитать готов. Писавый в печалех брат ваш Петр здравия желаю и челом бью».

С обычным равнодушием выслушал царь Иван прочтенное ему письмо Петра.

— Пусть братец Петр поступает по своей воле, — пробормотал он, повернувшись на постели с одного бока на другой.

Достаточно было противникам Софьи этих слов. Петр тотчас же приказал исключить имя царевны Софьи из имен царей, и 12 сентября 1689 года она сошла с той высоты, на которую возвел ее смелый ум. Но у нее, как у женщины, оставалась еще добытая ею свобода.