Психоанализ, ставший одной из ключевых теорий в гуманитарных науках в XX в., сумел проявить себя и в исследовании религии, предложив крайне оригинальную трактовку ее возникновения. Основатель психоаналитического метода Зигмунд Фрейд (1856–1938) был практикующим врачом-психиатром, поэтому его концепция выросла из наблюдений за больными и переноса опыта излечения отдельных нервных и психических заболевания на широкий круг проблем, одной из которых и стала проблема возникновения религии, которая разбирается им в работе «Тотем и табу» (1913).

В основе религии, по мнению Фрейда, лежит чувство вины. В своей врачебной практике австрийский психиатр часто сталкивался с чувством затаенной вражды, которое испытывает сын по отношению к своему отцу. Причиной этого являлась подавленная любовь к матери, которая и выливалась в ненависть по отношению к тому, кто обладал преимущественным правом на сексуальные отношения с нею. Вместе с тем отец служил образцом подражания для ребенка, поэтому ненависть, не находящая выхода, загонялась внутрь и служила источником постоянного психического напряжения. Этот комплекс Фрейд назвал Эдиповым, воспользовавшись сюжетом известного античного мифа, согласно которому Эдип стал фиванским царем, убив своего отца и женившись на собственной матери. Выдвинув предположение, что онтогенез (процесс индивидуального развития) совпадает с филогенезом (процессом постепенного развития общества), Фрейд сделал вывод, что Эдипов комплекс, существующий у ребенка, неким образом повторяет реально развитие событий, произошедшее в начале появления общества.

На первобытной стадии существования человечества возникла ситуация, когда вождь орды присвоил себе преимущественное право на всех женщин орды, за что был убит своими сыновьями, впоследствии раскаявшимися в своем поступке и объявившими табу на убийство и инцест (кровосмесительство). Убитый отец стал тотемным зверем, на поедание которого был введен запрет, а периодическое нарушение этого запрета во время ритуальных празднеств служило источником периодического же воспоминания о тяжести совершенного преступления. Подобное воспоминание о фигуре убитого отца послужило в дальнейшем основанием для появления фигуры Бога, т. е. стало источником не просто формирования примитивных форм тотемизма, но и развитых религиозных форм.

Ученик Фрейда, Карл Густав Юнг (1875–1961), во многом переосмыслил взгляды своего учителя, отказавшись от излишней сосредоточенности на проблемах формирования сексуальности и сделав акцент на наличие неких сюжетов, универсальных для всех типов культур и передающихся на бессознательном уровне. Эти сюжеты, лежащие в основе любой религии, Юнг назвал архетипами. В своих работах он попытался не только теоретически обосновать наличие подобных архетипов в разные эпохи и в разных типах культуры, но и обратился к конкретным мифам с целью их сравнения и выявления общих символов. Например, символику круга можно наблюдать в самых различных религиозных традициях: круг как идеальная форма – в пифагореизме, мандала (т. е. символическое отображение мироздания в виде круга) – в буддизме и т. д. В одной из своих работ («Божественный ребенок») Юнг анализирует мифы о «божественном младенце», которые присутствуют практически в каждой развитой мифологии. Например, Персей – в древнегреческой мифологии, Иисус – в христианской традиции, аналогичные ближневосточные и индийские мифы. Разумеется, в случае такого разброса сюжетов сложно оказывается предположить, что все эти мифы являются заимствованиями из одного источника, поэтому признание их архетипически присутствующими в подсознании человека позволяет избежать бесполезных поисков источника заимствования.

Оригинальность психоаналитической концепции религии вызвала немало критики с разных сторон. Больше всего споров вызвала идея Фрейда об отождествлении индивидуального человеческого развития с прогрессом общества, поскольку это тождество вряд ли возможно достоверно подтвердить с помощью археологических или антропологических данных, а без учета этого вся концепция порождения Эдипова комплекса рассыпается в прах. Непонятным в рамках фрейдистской концепции остается и механизм передачи информации на подсознательном уровне, поскольку Фрейд и Юнг неоднократно подчеркивают, что религиозная символика порождается человеческим подсознанием, которое уже содержит в себе весь набор символов (или комплексов). Более частным упреком Фрейду выглядит его интерпретация мифа об Эдипе, которая кажется натянутой и не согласуется с остальным комплексом древнегреческих мифов, в которых неоднократно присутствующие сюжеты отцеубийства и инцеста практически не перекликаются между собой.