Несмотря на то что династии Аббасидов удалось установить контроль над столицей халифата, которой в тот момент являлся Дамаск, некоторые области выпали из-под ее контроля: уцелевшие представители династии Омеяйдов укрылись на Пиренейском полуострове, основав Кордовский халифат; Марокко и Египет заняли представители шиитов. Дальнейшее существование халифата свелось к бесконечной борьбе с набегами кочевников и смене династий. Относительная стабильность была достигнута только в 1055 г., когда выходцы из Средней Азии турки-сельджуки захватили Багдад (тогдашнюю столицу халифата), после чего распространили свое влияние на весь Ближний Восток. Представители рода Аббасидов продолжали считаться халифами, выполняя, по сути, лишь религиозные и церемониальные функции, в то время как реальная власть принадлежала сменявшим друг друга иноземным династиям. Тем не менее, несмотря на кризис самого Арабского халифата, постепенное расширение тех земель, на которых официальной религией становился ислам, неуклонно продолжалось. Так, в Испании арабы владели практически всем полуостровом, христианским королевствам оставался лишь самый север и Пиренейские горы. В начале XI в. арабам удалось овладеть Сицилией, сделав этот остров своим форпостом в Средиземном море и перевалочным пунктом для возможного распространения ислама уже на территорию Европы.

Превращение ислама в государственную религию при наличии большого количества политически независимых субъектов стало предпосылкой для возникновения множества течений и сект, причем некоторые из них проникали на самый высокий государственный уровень. История Арабского халифата знала период проникновения течения мутазилитов в ряды представителей правящей династии. На первом этапе своего существования мутазилиты оставались в оппозиции к ортодоксальному исламу, что объяснялось их достаточно вольной трактовкой основных мусульманских догматов. По своим религиозным основаниям это течение имело много общего с иудео-христианской ересью гностиков. По крайней мере, сохранившиеся тексты позволяют утверждать, что мутазилиты провозглашали приоритет разума над верой в процессе богопознания, а также отстаивали тезис о принципиальной непознаваемости бога, к которому возможно только приближение, но не полное совпадение с ним. В начале IX в. мутазилизм стал государственной религией арабского халифата, но его торжество было недолгим: уже в 847 г. наступила пора возвращение к ортодоксальному исламу (каламу). Один из ярчайших представителей калама, Ашари (873–935) предложил примирительную позицию по вопросу преодоления пропасти между богом и человеком: Коран является божьим словом, которое запечатлелось в душах пророков и праведников, но нашло свое выражение только в виде слов и оборотов человеческого языка, так как эта форма оказалась единственно доступной для восприятия божественной истинны обыкновенным человеческим разумом.

Тяжелые испытания выпали на долю ислама в XIII в., что оказалось связано с татаро-монгольским нашествием, разрушившим среднеазиатские мусульманские государства и положившим конец существованию Арабского халифата. Но угроза оказалась временной: поддавшись влиянию религии покоренных земель, монголы уже во второй половине XIII в. приняли мусульманскую веру, а в XIV в. их держава была поколеблена появлением новой силы на азиатском горизонте – Османской империей, которая заставила своих соседей вспомнить завоевательную мощь и религиозный фанатизм первых арабских походов. В то время как другие мусульманские государства постепенно теряют свою значимость (в 1492 г. в руках христиан оказывается Гренада – последний оплот мусульман на Пиренейском полуострове), Османская империя только набирает мощь, пиком ее стал захват в 1453 г. Константинополя, покончивший с Византийской империей. Весь юго-восток Европы оказался в сфере мусульманского влияния, последствия чего проявляются до сих пор (боснийцы и албанцы исповедуют ислам в качестве государственной религии).

Симптомом кризиса исламского мира стали остро проявившиеся разногласия, но уже не между различными направлениями мусульманской веры, а внутри суннитов: отдельные государства (например, Иран) отказались признавать духовную власть османского владыки над своими странами. Постепенное политическое ослабление привело к резкому сокращению территории, и к концу XIX в. от Османской империи оказалась очищена практически вся Европа, а сама империя стала фикцией. Подпитка ислама как государственной религии все больше осуществлялась со стороны радикальных течений. При султане Абдул-Хамиде в 1876 г. была предпринята попытка сделать государственной религией и идеологией Османской империи так называемый панисламизм. Сущность этого течения заключалась в призыве ко всем мусульманам преодолеть политические границы и основать на занимаемой ими территории единое мусульманское государство под верховенством халифа. Попытка осуществления этой идеи на государственном уровне оказалась неудачной, и в 1922 г. Османская империя прекратила свое существование.

К концу XIX в. в развитии ислама (как суннитского, так и шиитского толка) наметились две тенденции – консервативная и модернистская. Консерваторы (ваххабиты) призывали возвратить ислам к его исходному основанию, вернуться к буквальному пониманию священных текстов и завещанной пророком теократической власти. Модернисты (бехаисты) видели выход из тупика, в котором оказался ислам, в том, чтобы приблизить отдельные его положения к реалиям современного мира, не меняя сути самого учения, а лишь делая его более доступным и понятным.