В то время, когда Шакловитый висел на дыбе в Троицкой лавре и бояре, преданные Петру, допрашивали его под ударами кнута, в селе Медведково, на реке Яузе, в семи верстах от Москвы, укрывался от гнева Петра князь Василий Васильевич Голицын, не принимавший никакого участья в действиях царевны Софьи со времени неудачной ее поездки к Петру. Голицын, которому в мечтах царевны Софьи приготовлялся царский венец, помышлял теперь о побеге в Польшу, но невозможность захватить с собою свои громадные богатства заставляла колебаться и без того не слишком решительного боярина.

С ужасом узнал он, что Петр, хотевший пощадить Шакловитого, приказал, по настоянию патриарха, отрубить ему голову, и что такой же казни, и тоже по требованию святейшего владыки, подверглись перед монастырем на московской дороге стрелецкие головы Петров и Чермной и трое рядовых стрельцов, выданные своими подчиненными и своими товарищами. С трепетом с часу на час ожидал боярин в своем роскошном поместье, что за ним явятся грозные посланцы из Сергиевой лавры, но он несколько ободрился, когда родственник его, князь Борис Алексеевич Голицын, пользовавшийся особенною благосклонностью Петра, обнадежил его, что ему будет дана пощада, если он явится в лавру с повинною. Долго не отваживался на это боярин, но наконец решился. Приехавшего к Троице Голицына не пустили за монастырскую ограду, но приказали жить на посаде. На другой день его потребовали к Петру, но он не удостоился зреть пресветлые очи государя, так как у крыльца царских палат при многочисленном народе думный дьяк объявил Голицыну о лишении его самого и его сына чести боярства, отписке их имущества на государя и о ссылке их с женами и детьми в Каргополь.

Стрельцы, видя решительную расправу семнадцатилетнего царя с приверженцами правительницы, стали волею-неволею переходить на его сторону, и Софья поняла, что конец ее власти близится. Противники ее действовали смело и неутомимо.

«Вручен скипетр правления прародительского нашего российского царства, — писал в Москву из Троицкой лавры царь Петр своему брату Ивану, — двум особам, а о третьей особе, чтобы быть с нами в равенственном правлении, отнюдь не вспоминалось, а как сестра наша, царевна Софья Алексеевна, государством нашим учала владеть свою волею и в том владении, что явилось особам нашим противное, а народу тягость, о том тебе, государь, известно. А теперь, государь-братец, настоит время нашим особам Богом врученное нам царствие править самим, понеже мы пришли есьми в меру возраста своего и третьему зазорному лицу, сестре нашей, с нашими двумя мужескими особами в титлах и расправе быти не изволяем, на то бы и твоя, государя моего брата, воля склонилась, потому что учала она в дела вступать и в титлах писаться без нашего изволения, к тому же еще и царским венцом для конечной нашей обиды венчаться хотела. Срамно, государь, при нашем возрасте тому зазорному лицу государством владеть мимо нас. Тебя, государя-брата, яко отца почитать готов. Писавый в печалях брат ваш Петр здравия желаю и челом бью».

С обычным равнодушием выслушал царь Иван прочтенное ему письмо.

— Пусть братец Петр поступает по своей воле, — только и пробормотал он.

Этих слов было достаточно. Петр тотчас же приказал исключить имя царевны Софьи из имен царей, и 12 сентября 1689 года она сошла с той высоты, на которую возвел ее смелый ум.