Особое положение среди всех шиитских сект занимают две из них, близкие по характеру друг к другу, алавиты и Али-илахи. Обе они обожествляют Али и ставят его, чуть ли не рядом с Аллахом. Алавиты появились в IX в. как секта основателя этого учения Нусайра. В учении Нусайра сочетались астральные культы, вера в переселение душ и элементы христианства. Алавиты полагают, что некогда все их души были звездами. Али поместил их в людей, но по смерти души праведников вновь станут звездами и сольются с божественным Али, тогда как души грешников переселятся в животных. Алавиты читают христианские Евангелия, причащаются хлебом и вином, часто носят христианские имена. Секта имеет свою священную книгу, составленную на основе Корана, но вся мудрость ее доступна лишь посвященным. Вплоть до нынешнего дня в Сирии, Ливане, Турции немало последователей этой секты.

Секта Али-илахи возникла много позже, примерно в XV–XVII вв., и ее приверженцев было более всего среди курдов, турок, иранцев и афганцев. На ее учение оказали влияние исмаилитские теории о семерых пророках и имамах. Суть догматов секты в том, что Али есть воплощение Аллаха и божественной истины, что именно он воплощается во всех пророках и имамах и явится в виде Махди. Как и алавиты, Али-илахи верят в переселение душ и не признают рая и ада. Существенную роль в их учении играет тезис о борьбе в человеке двух начал – разума и страсти. Обряды их, как и у алавитов, в некоторой степени близки к христианским.