Во второй период войны германская религиозная политика на оккупированной территории определялась установкой, которая была дана в Инструкции РСХА от 5 февраля 1943 г.: «Религиозной деятельности гражданского населения не содействовать и не препятствовать». Тем не менее оккупационные власти пытались манипулировать религиозным вопросом в своих целях.

Одним из направлений германской политики была дискредитация коммунистической идеологии при помощи религиозной пропаганды, которая апеллировала к тому, что «все [цивилизованные] народы верят в Бога», и утверждала, что «религия нужна для человечества как воздух». Материалы пропаганды противопоставляли «христианскую любовь и большевистскую ненависть», говорили о большевиках как о «разрушителях русских святынь». Значительными были результаты деятельности Псковской миссии, осуществлявшейся при поддержке командования ГА «Север» с целью отрыва русского населения от коммунистической идеологии, — ко второй половине 1942 г. число открытых Миссией храмов выросло до 221, а к началу 1944 г. — до 400.

Другим направлением политики была мобилизация конфессий на помощь германским властям. С подачи оккупантов, в марте 1943 г. глава УАПЦ архиеп. Поликарп (Сикорский) издал обращение, в котором указал, что «все здоровые и трудоспособные молодые люди должны откликнуться на призыв власти и ехать на работу в Германию». Глава УПЦ архиеп. Алексий (Громадский) издал аналогичное обращение, отметив, что «украинскому народу нужно будет войти в семью цивилизованных народов и занять надлежащее ему место». 19 марта 1943 г. было опубликовано «Воззвание к русским старообрядцам в Литве», содержавшее призыв вступать в германскую армию. В ноябре 1943 г. глава ЭАПЦ митр. Александр (Паулус) выступил с речью, в которой сказал, что «эстонский народ никогда не принадлежал к составу Советского Союза и не хочет принадлежать к его составу».

Оккупационные власти пытались дискредитировать позитивные аспекты советской религиозной политики путем утверждений о ее «лживости», напоминая, что «Сталин… разрушал все храмы, сгноил в лагерях Соловков и Сибири тысячи священников и сотни тысяч верующих». Германская пропаганда утверждала, что цель изменений в советской религиозной политике состояла в том, что большевики хотели не «вернуть народу религию, а… лишь прибрать к рукам церковь, чтобы… с ее помощью, распространяя свою власть на внутренний мир порабощенных ими людей, заставить служить себе и ту последнюю скрытую силу, которая сохранилась в русских людях и заключается в их религиозности». Празднование Пасхи 25 апреля 1943 г., которое в Западной Белоруссии прошло при поддержке германских властей, должно было убедить население в том, что «есть огромная разница между национал-социалистическим государством Адольфа Гитлера и советской системой». В пасхальные дни 1943 г. оккупанты организовали для местного населения чтение пропагандистских лекций в церквах. Глава ЭАПЦ митр. Александр (Паулус) в упоминавшейся речи, произнесенной в ноябре 1943 г., подчеркнул, что в СССР «невозможна и в настоящее время недействительна свобода религии». В Прибалтике к ведению пропаганды о советских «гонениях на церковь» были привлечены также католические деятели. Например, 28 февраля 1943 г. по радио с пронацистской и антирусской речью выступил литовский католический священник Сперанскас.

В период оккупации Северного Кавказа под властью Германии оказались значительные территории с православным (русские, украинцы, осетины и др.), буддийским (калмыки) и мусульманским населением (адыгейцы, балкарцы, ингуши, кабардинцы, карачаевцы, ногайцы, черкесы и др.). Оккупанты отмечали высокую религиозность населения казачьих районов, которую пытались использовать в своих целях. После вступления вермахта в Новочеркасск, в городском соборе были организованы торжественные богослужения. Во многих станицах были восстановлены храмы — например, на Кубани было открыто 192 церкви. Германские власти отмечали, что «открытие церквей… приносит большую радость населению», и эта радость «так велика, что они (казаки. — Ф.С.) приглашают немецких солдат в качестве крестных», а также проводят «благодарственные молитвы в церквях и на открытом воздухе».

Германские власти заигрывали с мусульманами Северного Кавказа, предоставив «свободу вероисповедания» и демонстрируя уважение к исламу — так, нацистская пропаганда сообщала о том, что в Берлине есть мечеть и мусульманское кладбище. В декабре 1942 г. в Кабардино-Балкарии и Карачае было организовано празднование «Курбан-байрама», посвященное «освобождению от большевиков», в котором приняли участие представители немецкого командования. «Мусульманский фактор» использовался в германской пропаганде и после отступления с Кавказа — так, 26 февраля 1943 г. она сообщила о мифической «резне мусульманского населения в СССР», якобы осуществленной в качестве мести за то, что «мусульманское население симпатизировало германским и союзным им войскам».

Оккупационные власти Калмыкии разрешили буддистам «свободное отправление религиозного культа». Импровизированные буддийские храмы были открыты в населенных пунктах этого региона (Яшкуль, Оргакин, Ики-Бурул, Бага-Чонос), а также Калмыцкого района Ростовской области. При Калмыцком добровольческом корпусе, созданном оккупантами, состоял лама Г.Н. Батыров (бывший лама Шебенеровского хурула). Однако после освобождения национальных регионов Северного Кавказа и Калмыкии Красной Армией (к февралю 1943 г.) значимость исламского фактора в германской политике существенно снизилась, а буддийского фактора — фактически сошла на нет.

В целом во второй период войны в религиозной ситуации на оккупированной территории СССР возник кризис. Во-первых, ему способствовала противоречивость, которой с самого начала оккупации характеризовалась германская религиозная политика, которая проявилась, в том числе, в противостоянии разных ведомств Рейха. Например, инициатива Министерства «восточных территорий» по созданию объединенной Украинской Православной Церкви во главе с Патриархом не увенчалась успехом из-за противодействия со стороны руководства РК «Украина».

Во-вторых, реальное отношение к германским властям со стороны церковных иерархов изменилось в худшую сторону. Глава УАПЦ архиеп. Поликарп, ранее приветствовавший оккупантов, протестовал против брутального обращения с населением. Глава УГКЦ митр. А. Шептицкий, который вначале принял германцев как освободителей, разочаровался в них и утратил свой германофильский настрой, в том числе, из-за нацистской политики уничтожения еврейского населения. Он был встревожен вовлечением украинской полиции в эти акции и даже направил Г. Гиммлеру письмо с требованием прекратить эту практику. В отчетах германской полиции отмечалось, что к концу 1943 г. митр. А. Шептицкий стал считать нацизм худшим злом, чем коммунизм.

Церковный сепаратизм, который поддерживали оккупанты, также способствовал эскалации религиозного кризиса. На Украине продолжалась борьба УАПЦ с УПЦ, которая часто делалась руками ОУН. Оуновцы заставляли духовенство совершать службы на украинском языке и убивали тех священников, которые не разделяли националистические взгляды. Так, 7 мая 1943 г. был убит глава УПЦ архиеп. Алексий (Громадский), в сентябре 1943 г. — глава Владимиро-Волынской епархии УПЦ еп. Мануил (Тарновский). В Белоруссии архиеп. Филофей (Нарко) и его соратники, стремясь к «белорусизации» церковной жизни и агитируя против Московской Патриархии, пытались заменить русских священников на белорусов, сеяли вражду между священниками Западной и Восточной Белоруссии.

Таким образом, масштабность германской религиозной политики во второй период войны не была широкой, хотя сами по себе последствия «религиозного возрождения» на оккупированной территории были довольно значительными. Несомненно, что оно оказало заметное влияние на изменение религиозной политики советского руководства. Вариативность германской религиозной политики также была невысокой. Хотя оккупационные власти пытались использовать конфессии в своих интересах, противоречивость и манипулятивность нацистской политики привели к углублению религиозного кризиса.

Эффективность германской религиозной политики во второй период войны существенно снизилась. Оккупационные власти стали терять позиции в религиозной сфере, которые они завоевали в начале войны с объявлением религиозной свободы. Этому способствовали эскалация религиозного кризиса, неприятие православным населением попыток использовать Церковь для ведения антисоветской и антирусской пропаганды, а также оскорбительное отношение германских военнослужащих к священникам и верующим, святотатство по отношению к храмам, которые оккупанты занимали под кабаки и конюшни, иконам, которые сжигали в печах как дрова. В Прибалтике недовольство населения вызвало проведенное оккупантами изъятие церковных колоколов.

Снижению эффективности германской политики в значительной степени способствовала реформа советской религиозной политики, осуществленная во второй период войны. Его начало было положено публикацией 10 ноября 1942 г. в центральной советской прессе телеграмм высших иерархов РПЦ — Патриаршего Местоблюстителя, митр. Сергия (Страгородского), и экзарха Украины, митр. Николая (Ярушевича), — адресованных И.В. Сталину по случаю 25-летней годовщины Советской власти. Эта пропагандистская акция свидетельствовала не только о принятии советским руководством патриотической политики РПЦ, но и об официальном сближении позиций Церкви и государства, в том числе по ситуации на оккупированной территории СССР.

Советская пропаганда на оккупированной территории распространяла информацию о позитивных изменениях в положении религии в СССР. Так, в 1942 г. по решению Политбюро ЦК ВКП(б), но под эгидой Московской Патриархии, в дорогом для военных времен исполнении была издана книга «Правда о религии в России», которая рассказывала о том, что в СССР царит свобода совести. Эта книга в 1942–1943 гг. была распространена, в том числе, на оккупированной территории страны.

С 1943 г. советское командование и Московская Патриархия, а также другие конфессии, усилили согласованные действия с целью расширить влияние на религиозную жизнь в оккупированных регионах СССР. В марте 1943 г. РПЦ осудила украинских «раскольников» и коллаборационистов, выдвинув их лидеру архиеп. Поликарпу (Сикорскому) требование «оправдаться». На оккупированной территории были распространены патриотические обращения Патриаршего Местоблюстителя, митр. Сергия («Рождественское» от 4 января 1943 г. и посвященное двухлетию Отечественной войны), а также обращение Ленинградского митр. Алексия (Симанского) к населению оккупированной территории Ленинградской области от 25 апреля 1943 г. В этих посланиях говорилось о ненависти немцев к русскому народу и православию, содержались призывы к борьбе с германскими захватчиками. Через Всеславянский антифашистский комитет были распространены обращения иерархов РПЦ, в том числе под заголовками «Бог благословляет народную справедливую войну против гитлеровских захватчиков», «О свободе религии в СССР», «Немцы — злейшие враги христиан» и др. На оккупированной территории также были распространены обращения главы РСПЦ архиеп. Иринарха, в которых он призывал помогать партизанам и Красной Армии, и патриотическое обращение к верующим-протестантам, изданное от имени Всесоюзного совета евангельских христиан (ВСЕХ).

Советская политика была направлена на дискредитацию германской религиозной политики на оккупированной территории СССР: так, сообщения ЧГК содержали данные о разрушении оккупантами церквей, а партизанским отрядам в апреле 1943 г. было дано указание распространять среди населения оккупированных территорий имевшиеся данные об убийствах оккупантами мирных жителей, прятавшихся в церквах.

Окончательно перелом в советской религиозной политике обозначился 4 сентября 1943 г., когда состоялась встреча И.В. Сталина с Патриаршим Местоблюстителем, митр. Сергием (Страгородским), митр. Алексием (Симанским) и митр. Николаем (Ярушевичем). Последствия этой встречи явились переломными для всей истории Церкви в советское время. 8 сентября 1943 г. при поддержке государства был созван Собор, в котором приняли участие 19 высших иерархов. На Соборе были избраны Патриарх Московский и всея Руси (им стал митр. Сергий (Страгородский) и Священный Синод. Патриархат, с октября 1941 г. находившийся в эвакуации, был возвращен в Москву, где ему был предоставлен особняк бывшего германского посольства. Было возобновлено издание «Журнала Московской Патриархии», открыты Православный богословский институт и богословско-пастырские курсы, приняты другие меры по облегчению положения РПЦ. В системе советских государственных органов было создано специальное ведомство — Совет по делам РПЦ при СНК СССР.

Причины принятия Советским руководством решения о стратегическом союзе («конкордате») с Русской Православной Церковью были как внутриполитическими (моральная мобилизация верующих, сбор пожертвований среди них, борьба с коллаборационизмом на оккупированной территории, ресоветизация освобожденной территории), так и внешнеполитическими. Причем последние причины оказались решающими. Нельзя согласиться с мнением, что решение о заключении «конкордата» с РПЦ вызвал «катастрофический для СССР ход боевых действий», который «заставил Сталина мобилизовать для обороны все национальные резервы, в том числе и Русскую Православную Церковь в качестве народной, моральной силы». В первый период войны, когда ход боевых действий был, по большей мере, не в пользу СССР (июнь 1941 г. — ноябрь 1942 г.), советское руководство союз с Церковью не заключило. Он состоялся только после окончательного перелома в войне, происшедшего после Курской битвы (лето 1943 г.), когда правительство СССР начало вплотную размышлять о послевоенном устройстве мира.

Реформа советской религиозной политики оказала воздействие на положение в религиозной сфере на оккупированной территории страны в нескольких аспектах. Во-первых, был четко обозначен отказ руководства СССР от искоренения религии, что в условиях коренного перелома в войне уже не могло рассматриваться как проявление «слабости» или вынужденных уступок со стороны советского правительства. Во-вторых, церковные сепаратисты на оккупированной территории СССР получили однозначный сигнал о том, что их устремления, направленные против РПЦ, воспринимаются советским правительством резко отрицательно. В октябре 1943 г. советское руководство приняло решение о прекращении православного сепаратизма на тыловой территории СССР, приняв меры к форсированию «распада Обновленческой церкви» и возвращения ее приходов в лоно РПЦ. Несмотря на то, что в ноябре 1943 г. при поддержке И.В. Сталина Синод РПЦ признал автокефалию ГПЦ (де-факто она была восстановлена в 1917 г.), грузинское православие, имевшее более древнюю историю, чем русское, должно было оставаться исключением, а не прецедентом.

Одновременно с заключением «конкордата» с РПЦ, произошла официальная нормализация отношений советской власти с другими конфессиями, в том числе евангелической (ВСЕХ), армяно-григорианской (ААЦ) и исламской. Возможности протестантских религиозных центров были использованы и при борьбе с уклонением баптистов и евангелистов, проживавших на освобожденной территории СССР, от военной службы. В декабре 1943 г. НКГБ СССР распространил среди протестантов патриотическое обращение «по военному вопросу» от имени «Всесоюзного совета евангельских христиан и баптистов» (ВСЕХБ). На проведенном в Ташкенте 15–20 октября 1943 г. первом курултае улемов Средней Азии и Казахстана, в числе прочих, было принято обращение к верующим мусульманам Крыма, в котором говорилось о том, что нацисты поставили своей целью осквернить мусульманские святыни, считают «все народы мира низшей расой, а восточные, мусульманские народы — обезьянами». Обращение утверждало о ликвидации оккупантами «национальной самостоятельности крымских мусульман» и их издевательствам над мусульманскими «бытовыми обычаями и религией».

Несмотря на существенное улучшение положения РПЦ и других конфессий в СССР, изменения в советской религиозной политике, в целом, носили пропагандистский характер. 26 ноября 1943 г. СНК СССР издал постановление «О порядке открытия церквей», согласно которому решение об открытии каждого конкретного храма должно было рассматриваться СНК республик и облкрайисполкомами, а затем утверждаться в Совете по делам РПЦ. В то же время отказ в открытии храма утверждался на месте. Совет по делам РПЦ руководствовался прямым указанием В.М. Молотова, данным осенью 1943 г.: «Пока не следует давать никаких разрешений на открытие церквей… Открыть церкви в некоторых местах придется, но нужно будет сдерживать решение этого вопроса Правительством». В итоге из поступивших в 1944–1945 гг. в Совет по делам РПЦ 5770 ходатайств об открытии храмов, было удовлетворено только 414, то есть 7,2%.

На территории, освобожденной от оккупации, происшедшее при оккупантах «религиозное возрождение» представляло серьезную проблему для советской власти, в связи с чем было принято решение проводить религиозную политику в освобожденных регионах с осторожностью. Так, например, в Курске почти все открытые во время оккупации церкви продолжали работать и после освобождения. В первое время не подвергались преследованиям и некоторые церковные сепаратисты. Так, архиеп. Феофил (Бундовский), имевший в УПЦ титул митрополита, после освобождения Харькова в августе 1943 г. получил просьбу от советского командования «управлять приходами, которые освобождены, и которые будут освобождаться постепенно». Тем не менее власти сразу же начали проверку деятельности сепаратистов, особенно тех, среди которых бытовали националистические устремления. В ноябре 1943 г. архиеп. Феофил (Булдовский) был арестован НКГБ и позднее скончался в тюрьме.

Восприятие германскими властями перемен в советской религиозной политике, в целом, соответствовало тому, что говорила о ней нацистская пропаганда. Оккупанты сделали вывод, что «нельзя поверить в эволюцию» советской власти, а «все уступки в сторону Церкви со стороны большевистского государства поэтому являются временной концессией, которая позднее будет отменена». Аналогичным образом была воспринята новая религиозная политика СССР многими представителями русской эмиграции, включая руководство и рядовых клириков РПЦЗ, а также в Католической церкви. Хотя такие выводы во многом соответствовали действительности, они не могли умалить того воздействия, который произвела реформа советской религиозной политики на настроения верующих в тылу СССР и на оккупированной территории.

Эффективность советской религиозной политики на оккупированной территории СССР была высокой — здесь существенное воздействие на положение в религиозной сфере оказал перелом в отношениях между государством и РПЦ, и как следствие — с другими религиозными общинами СССР. В результате совместных действий советских пропагандистов и иерархов Церкви, с 1943 г. доля сторонников Московской Патриархии среди клира оккупированных областей постоянно росла. Многие сельские священники, в частности, в Белоруссии, стали согласовывать свои действия с партизанами, а храмы превратились в центры русского национального самосознания, проявления патриотических чувств. Вокруг них сплотилась значительная часть населения. Так, по данным советских партизан, в Пинской обл. духовенство в начале войны «оказывало свои услуги немцам». Однако после того, как партизаны провели разъяснительную работу и доказали священникам, что, «помогая немцам, они изменяют своему народу, родине и в этом случае не могут быть попами, а только предателями своего народа», священники «начали работать против немцев в пользу партизан». В частности, они проводили молебны за партизан, выведывали на исповеди у коллаборационистов их настроения, зачитывали послания иерархов РПЦ. Даже некие «русские националисты», пропагандировавшие борьбу «против большевиков и немцев», в своих листовках, распространенных на оккупированной территории СССР, признавали, что «Советы… провозгласили религиозную свободу».

В то же время масштабность советской религиозной политики была не очень широкой — она касалась, в основном, пропагандистской сферы и легализации отношений между государством и конфессиями. Реальное улучшение положения религиозных организаций коснулось отдельных сфер их деятельности (восстановление духовных семинарий, религиозных изданий и т.п.), но не было широким на «низовом уровне», так как количество открытых храмов было небольшим. На оккупированной территории советская религиозная политика заключалась, в основном, в широкой патриотической пропаганде, которая велась от имени конфессий. Вариативность советской политики проявилась в том, что политика на освобожденной территории СССР, где значительными были последствия «религиозного возрождения», отличалась от политики в тыловых регионах страны.