Периодически аудиторы могут попадать в ситуации, при которых возникает конфликт интересов. Такие ситуации могут быть самого разного характера: от относительно тривиальных до совершения уголовно наказуемых деяний и незаконных действий. Невозможно даже пытаться составить полный перечень случаев, в которых может возникнуть конфликт интересов. Аудитор должен иметь это в виду и предвидеть возможность возникновения причин, приводящих к конфликту интересов. Расхождение мнений аудитора и другого лица само по себе не является этической проблемой. Однако в каждом конкретном случае заинтересованным сторонам следует анализировать все факты и обстоятельства.

К конфликту обязанностей аудитора с различными внешними или внутренними требованиями может привести целый ряд конкретных факторов. Например: может возникнуть опасность давления со стороны непосредственного руководителя, менеджера или члена Совета директоров. Давление может оказываться и в рамках семейных или личных отношений. Безусловно, не следует развивать отношения или интересы, способные отрицательно влиять или ставить под угрозу честность аудитора; к аудитору могут обратиться с просьбой действовать вразрез с правилами (стандартами) аудиторской деятельности; может возникнуть ситуация, в которой аудитору придется принимать решение в отношении того, должен ли он ориентироваться на интересы руководства или соблюдать установленные правила профессионального поведения; конфликт может возникнуть в случае опубликования вводящей в заблуждение информации, выгодной работодателю или аудируемой организации, но не соответствующей мнению аудитора.

В процессе применения правил этики поведения у аудитора может возникнуть необходимость выявления неэтичного поведения других лиц или разрешения этических конфликтов. В случае возникновения серьезных этических вопросов аудитору следует руководствоваться политикой разрешения конфликтов, существующей в организации-работодателе. Если это не способствует разрешению конкретного конфликта, то необходимо рассмотреть следующие возможные меры: обсуждение спорного вопроса с непосредственным начальником. Если с ним не удается решить проблему и аудитор принимает решение обратиться к руководителю на следующем, более высоком уровне, то об этом следует уведомить непосредственного начальника. Если создается впечатление о вовлеченности начальника в конфликтную ситуацию, то аудитору следует поднять этот вопрос на следующем, еще более высоком руководящем уровне. Если непосредственный начальник является главным исполнительным лицом (или занимает аналогичную должность), то вопрос на более высоком уровне могут рассматривать исполнительный орган, совет директоров, члены совета директоров, не наделенные исполнительными функциями, или акционеры; обращение на конфиденциальной основе к независимому консультанту, аккредитованным при Минфине России профессиональным аудиторским объединениям или в Совет по аудиторской деятельности при Минфине России с целью получения разъяснений в отношении возможных направлений действий; если, несмотря на рассмотрение на всех уровнях внутри организации, конфликт не разрешен, то, когда речь идет о существенных вопросах (например, мошенничестве), в качестве крайней меры у аудитора может не остаться никакого иного выбора, кроме отказа от проведения аудита, а при необходимости доведение информации до сведения уполномоченных внешних организаций, таких, как правоохранительные или контролирующие органы.

Любой аудитор, занимающий высокую должность, должен стремиться к внедрению политики разрешения конфликтов в нанявшей его организации.