Чайный гриб не рекомендуется употреблять при диабете, а также людям, страдающим грибковыми заболеваниями. Причина не в каких-либо свойствах самих грибов, а в сахаре, который содержится в настое. При грибковых заболеваниях и при диабете сахар вреден в любых продуктах питания. Не следует употреблять гриб в больших количествах и не стоит принимать настой неразбавленным, это можно делать только в том случае, если он простоял совсем недолго и еще совсем слабый. Не стоит заменять при брожении гриба сахар медом — клинически пока не исследовано, как меняется при этом состав настоя, так что последствия от приема такого напитка могут быть самые непредсказуемые. Крепкий настой не следует употреблять автомобилистам перед поездкой.

Не стоит пить чайный гриб при повышенной кислотности желудочного сока и язвенной болезни желудка, особенно в острой фазе. Исключение составляет настой чайного гриба с медом, приготовленный на основе черного (не зеленого) чая. Мед нейтрализует воздействие кислотной составляющей чайного гриба, исключая возможность обострения. Но такое сочетание — не лучшее для людей, страдающих ожирением: в состав меда входят фруктоза и сахароза — простые сахара, не нуждающиеся в дополнительной переработке организмом. Эти вещества мгновенно усваиваются, способствуя увеличению веса.