В Екатеринбурге Глинский прослужил почти два года. В сентябре 1920 года он как польский коммунист был откомандирован в распоряжение Центра. Только что закончилась война с панской Польшей, и в тылу Красной Армии, а также вблизи российско-польской границы осталось множество польских агентов. Станислав получает новое назначение — он становится помощником начальника Особого отдела 16-й армии по агентурной работе.

Значительной частью белогвардейской вооруженной эмиграции являлись военнослужащие армий генералов Пермикина и Булак-Булаховича, находившиеся в Польше. После подписания Рижского договора польские власти ввиду отсутствия средств согласились взять на свое содержание только часть этих войск. Председатель Русского политического комитета в Польше Борис Савинков пытался найти у западных союзников деньги на содержание русских беженцев, но безуспешно.

3 ноября 1921 года в честь 4-й годовщины Октябрьской революции ВЦИК объявил амнистию отдельным категориям русских военнослужащих, находившихся за границей и желавших возвратиться на родину. Репатриация бывших русских солдат и офицеров стала принимать массовый характер. Но еще 22 февраля 1921 года в Новороссийск из Константинополя прибыл турецкий пароход «Решид-паша», на борту которого находились 3600 бывших военнослужащих армии Врангеля. Всего в 1921 году в Россию возвратилось около 120 тысяч человек.

Однако главнокомандующий Русской армией генерал Врангель противился возвращению беженцев. Он вынашивал планы крестового похода против большевиков и считал, что имевшихся у белой эмиграции сил — около 100 тысяч человек — для этого недостаточно. Разведывательные структуры Врангеля, а также Англии, Франции и Польши проводили активную работу по подготовке восстаний и мятежей в Советской России. К этой работе привлекались такие крупные специалисты своего дела, как британский разведчик Сидней Рейли, начальник контрразведывательной службы Врангеля на юге России действительный статский советник Владимир Орлов, Борис Савинков и его брат Виктор.

На английского разведчика Сиднея Рейли возлагалась задача координации деятельности русской, украинской (эмигрантских) и польской военных разведок. С этой целью в ноябре 1920 года он прибыл в Варшаву, где установил тесные контакты с представителями белой эмиграции. Одновременно русской военно-морской разведкой в Лондоне разрабатывались совместные с Англией и Францией планы по организации восстаний в Кронштадте и Петрограде в марте 1921 года.

В мае 1921 года чекисты вышли на след контрреволюционной организации «Народный союз защиты Родины и свободы» (НСЗРС) во главе с Борисом Савинковым. Ему удалось создать «Западный областной комитет» союза на Украине и в Белоруссии. Для борьбы с савинковскими террористами Артур Артузов разработал операцию «Синдикат-2», в которой принимал активное участие и Станислав Глинский.

Касаясь участия Глинского в операции «Синдикат-2», необходимо подчеркнуть следующее: в архивах внешней разведки России сохранились сведения о том, что именно Станислав Мартынович персонально обеспечивал переход Бориса Савинкова и его сподвижников на нашу территорию на участке российско-польской границы. Он выдавал себя за члена легендированной чекистами антисоветской организации «Либеральные демократы». По перехваченным явкам Глинский посещал отряды организации Савинкова на территории Белоруссии и Польши, принимал непосредственное участие в ликвидации одного из таких отрядов, который укрывался на глухом хуторе в Горецком районе Могилевской губернии и насчитывал более 500 человек.

В дальнейшем «либеральный демократ» Глинский встречался в районе Слуцка с представителем атамана Булак-Булаховича и обсуждал с ним планы организации антисоветского восстания в Белоруссии и захвата Минска. Благодаря предпринятым чекистами мерам эти планы бандитов не были реализованы. Таковы основные сведения об участии Глинского в чекистском мероприятии по борьбе с контрреволюцией.

Следует отметить, что деятельность чекистов по ликвидации савинковских террористов была весьма эффективной.

В ходе проведения операции «Синдикат-2» Станислав Глинский сменил несколько должностей и мест службы. Это было продиктовано соображениями оперативной необходимости. Так, в июне 1921 года он становится начальником особого отделения при Белорусской ЧК, а в июле того же года — уполномоченным Ударной группы по разработке иностранных миссий в Белоруссии. За активное участие в оперативных мероприятиях на белорусской земле Станислав Глинский был награжден орденом Красного Знамени.

Через год следует новое назначение — 16 июня 1922 года Глинского переводят на должность начальника Заславльского пограничного особого отделения. Это было связано с продолжением оперативной игры чекистов с савинковцами. Здесь он прослужил до 1923 года. Прощаясь с разведчиком, отбывавшим к новому месту службы, друзья-пограничники преподнесли ему приветственный адрес, в котором писали (сохранен стиль оригинала):

«Дорогой Станислав Мартынович! Расставаясь с Вами после долгой совместной службы на поприще охраны границы Республики трудящихся от проникновения наймитов Европейских акул, поставивших себе целью разложение трудящихся масс и подрыв экономической мощи Воскресающей Советской Республики, мы, оставшиеся здесь, наученные совместным опытом, будем с тем же рвением и успехом продолжать свою работу, осуществляя наш лозунг “Смерть контрреволюции и шпионам”».

В дальнейшем, до конца 1924 года, Глинский работает заместителем начальника минского Особого отдела ОГПУ. В августе

1924 года нелегальная боевая группа Глинского совершила налет на помещение польской службы безопасности в Столбцах и освободила двух делегатов V конгресса Коминтерна, арестованных охранкой Пилсудского.