В период репатриации бывших военнослужащих русской армии на родину, начавшейся в 1921 году, Базаров провел ряд важнейших оперативных мероприятий, способствовавших возвращению в Россию патриотически настроенных солдат и офицеров. Разведчик и сам стремился домой, к своей суженой. Однако по решению Центра он был оставлен за рубежом для развертывания нелегальной работы на Балканах. Одновременно Центр способствовал приезду к Базарову из России его невесты, которая вскоре стала надежным помощником разведчика.

Первой оперативной командировке Базарова суждено было продлиться до 1924 года. В служебной характеристике на нелегального резидента, относящейся к тому периоду, в частности, отмечалось (текст оригинала сохранен. — Авт.):

«С марта 1921 года по 1924 год тов. Базаров пробыл на подпольной работе на Балканах (Болгария, Югославия), где в условиях крайне тяжелых, в условиях жесточайшего террора сумел создать и организовать работу группы источников, освещавших самые разнообразные политические и оперативные вопросы по Балканам».

С 1924 по 1927 год Базаров работал сотрудником полпредства СССР в Вене и под прикрытием этого учреждения в качестве резидента руководил нелегальными группами источников, действовавших в Болгарии, Югославии и Румынии. Одновременно поддерживал связь с лидерами македонского и албанского национально-революционных движений на Балканах, снабжая их оружием и материальными средствами. По заданию Центра «провел ряд особо ценных оперативных мероприятий».

В 1927 году Борис Яковлевич получил разрешение вернуться на Родину. Находясь в Москве, он в должности особоуполномоченного ИНО ОПТУ руководил Балканским сектором внешней разведки. Его отличало исключительно глубокое знание политических и экономических проблем стран этого региона. В июле 1927 года Базаров стал членом ВКП(б). А пять месяцев спустя, отмечая десятилетие создания органов государственной безопасности, Коллегия ОГПУ наградила Базарова почетным именным оружием, на котором было выгравировано: «За преданность делу пролетарской революции».