В мае 1918 года в России вспыхнул мятеж белочехов, активно поддержанный Антантой. Захватив 25 мая Транссибирскую магистраль от Казани до Владивостока, бывшие чешские военнопленные, которым советское правительство разрешило возвратиться на Родину через Дальний Восток, выступили с оружием в руках против своих вчерашних союзников. В Поволжье и на Урале они свергли советское правительство, арестовали и расстреляли коммунистов из местных органов власти. В Омске адмирал Колчак сверг власть Советов, объявил себя Верховным правителем России и назначил временное Сибирское правительство.

8 июня 1918 года в Самару, захваченную чехословацким мятежным корпусом, на броневике мятежников и под их охраной въехали пять членов бывшего Учредительного собрания, разогнанного большевиками: В. Вольский, П. Климушкин, И. Брушвит, Б. Фортунатов и И. Нестеров, которые при поддержке интервентов возглавили эсеро-меньшевистское правительство. Они провозгласили себя «Комитетом Учредительного собрания» («Комуч») и начали властвовать. В тот же день они издали прокламацию, в которой объявили о свержении власти Советов и лицемерно заверили граждан, что «каждый человек будет дорог и неоценим для демократического режима». Но на самом деле на улицах Самары уже чинилась оргия арестов и расправ над коммунистами, комиссарами и сочувствующими им рабочими. Только с 8 по 18 июня 1918 года «демократы» бросили за решетку 1827 инакомыслящих. На 7 октября 1918 года, когда Самара была взята Красной Армией, в тюрьмах правительства «Комуча» содержалось 2500 заключенных, а несколько тысяч человек было расстреляно.

Небезынтересна дальнейшая судьба «Комуча». Бежав под ударами Красной Армии на Восток, это самозванное «правительство» нашло убежище под крылышком у Верховного правителя в Омске. Некоторое время оно пыталось претендовать на власть в стране, даже осуждало «эксцессы» Колчака. В конечном итоге адмиралу надоела игра в демократию и он приказал расстрелять остатки Учредительного собрания России. Так что по сравнению с действиями «омского правителя» разгон «учредиловки» большевиками выглядит просто гуманным актом.

Однако вернемся к событиям лета 1918 года. Вслед за мятежом белых чехов французы заявили, что чехословацкий корпус является частью французской армии и потребовали от советского правительства эвакуировать его через Архангельск и Мурманск. В июне 1918 года они вместе с англичанами высадились в этих русских портах и оккупировали Север России. На Дальнем Востоке и в Приморье высадились японские и американские интервенты. В результате Россия оказалась окруженной фронтами Гражданской войны.

В связи с созданием Восточного фронта в Поволжье летом 1918 года Могилевский назначается членом комиссии ВЦИК по восстановлению советской власти в Саратове. Одновременно он работает в Саратовской ЧК по ликвидации белогвардейского мятежа. К тому времени Гражданская война охватила всю территорию России. В августе 1918 года Красная Армия перешла в контрнаступление на Восточном фронте и к концу ноября изгнала интервентов из Поволжья. Могилевский отзывается из Саратова и направляется на Украину, где работает в органах наркомата юстиции Республики. Одновременно он является заместителем председателя революционного трибунала 12-й армии.