В феврале 1919 года партия направляет Давтяна в составе миссии российского Красного Креста во Францию для решения вопроса о возвращении на родину солдат и офицеров 40-тысячного Русского экспедиционного корпуса. В миссию, которую возглавлял видный революционер Дмитрий Мануильский, входила также Инесса Арманд, долгие годы проживавшая в этой стране. Поначалу французы враждебно встретили посланцев революционной России, однако затем были вынуждены согласиться отпустить на родину русских солдат, оказавшихся на чужбине.

В мае 1919 года Яков Давтян и Инесса Арманд сошли с борта французского парохода в Новороссийском порту. Усевшись в пролетку, они собрались было отправиться в путь, но вдруг с трапа парохода сбежал бородатый солдат и, схватив рысака под уздцы, громко крикнул: «Товарищи! Не уезжайте! Одну минуточку!»

Седоки повернулись в сторону парохода, и с палубы корабля, как раскаты грома, донеслось троекратное «ура!». Это русские солдаты, возвратившиеся на родину, благодарили Давтяна и Арманд за свое вызволение с чужбины.

Возвратившись в Москву, Давтян обратился в ЦК партии с просьбой предоставить ему работу с учетом приобретенного зарубежного опыта. В июне 1919 года он был направлен на Украину в качестве особоуполномоченного Совета обороны для инспекции политотделов военных учреждений. В связи с отступлением Красной Армии из Киева в августе 1919 года ему был выдан мандат следующего содержания:

«Тов. Давтяну поручается восстановление порядка в районе Киевского железнодорожного узла, прекращение бесчинств в войсковых эшелонах, задержание дезертиров, выселение из вагонов всех лиц, коим по штатам ими пользоваться не положено. Тов. Давтян имеет право ареста с последующим преданием суду состоящего при нем Ревтрибунала всех не подчиняющихся его распоряжениям, право пользования прямыми проводами, телефонным, телеграфным, право проезда в любом поезде и пользования отдельным паровозом».

В сентябре 1919 года Давтян был направлен на Южный фронт начальником политотдела 1-й Кавказской кавалерийской дивизии. В начале 1920 года его вновь отзывают в Москву, теперь уже для работы в Наркомате иностранных дел. Он назначается на должность первого секретаря советского полпредства в Ревеле (Таллине) и направляется туда в командировку. Затем из Ревеля его переводят в Лондон секретарем делегации Л.Б. Каменева.

После возвращения из Лондона в октябре 1920 года Яков Христофорович работает в центральном аппарате НКИД заведующим отделом Прибалтийских стран и Польши и одновременно является членом коллегии Наркомата.