Молекулярная филогенетика – способ установления родственных связей между живыми организмами на основании изучения структуры полимерных макромолекул – ДНК, РНК и белков. Результатом молекулярно-филогенетического анализа является построение филогенетического древа живых организмов. Близкое родство между живыми организмами обычно сопровождается большой степенью сходства в строении тех или иных макромолекул, а молекулы не родственных организмов между собой различаются.