К началу ВОВ ЭПРОН состоял из Главного управления и пяти экспедиций: Балтийской, Северной, Черноморской, Тихоокеанской и Каспийской и шести аварийно-спасательных отрядов. В состав ВМФ ЭПРОН вошел с 22 июня 1941 года. То есть в первый день войны, что говорит об огромном значении ЭПРОНа.
