Истинные причины нанизма (от греч. nanos — карлик) были неизвестны до начала XX века, и наука до этого времени выдвигала огромное количество абсурдных гипотез. Ныне существуют две научные гипотезы: гармоничного и дисгармоничного нанизма. Карлики дисгармоничного типа — нормальные в момент рождения, но их рост задерживается, из-за чего они остаются маленькими навсегда. Такие карлики обычно имеют чрезвычайно большие головы, непропорционально короткие ноги, к тому же дугообразные, косолапые и неестественно удлиненные руки.

В противоположность им гармоничные карлики уже в момент рождения исключительно малы. Достигая взрослого возраста, они попросту становятся миниатюрными людьми.

Ныне известны пять причин нанизма, из которых основными считаются недоразвитие костных тканей, поражение желез внутренней секреции, а также нарушения в работе почек. Есть также нанизм генетический и внутриматочный.