Официально Особая группа при наркоме внутренних дел СССР была создана согласно Приказу НКВД СССР № 00882 от 5 июля 1941 года и подчинялась непосредственно народному комиссару внутренних дел Лаврентию Берии.

Эту структуру возглавил старший майор госбезопасности Павел Анатольевич Судоплатов, а его заместителем тем же приказом назначили заместителя начальника Первого управления НКВД СССР Наума Исааковича Эйтингона и заместителя начальника 2-го (дальневосточного) отдела Первого управления НКВД СССР старшего майора госбезопасности Николая Дмитриевича Мельникова.

Основные задачи Особой группы:

— разработка и проведение разведывательно-диверсионных операций против гитлеровской Германии и ее сателлитов;

— организация подпольной и партизанской войны;

— создание нелегальных агентурных сетей на оккупированной территории;

— руководство специальными радиоиграми с немецкой разведкой с целью дезинформации противника.

Последняя задача так и не была выполнена в полном объеме.

Малоизвестный факт. Когда 20 июля 1941 года НКВД и НКГБ были объединены в единый наркомат — НКВД, Лаврентий Берия 30 июля 1941 года подготовил документ под названием «Структура народного комиссариата внутренних дел Союза ССР». В нем была подробно расписана структура нового ведомства. Место нашлось всем подразделениям, кроме Особой группы. Не было намека на существование этого подразделения и в Приказе НКВД СССР № 00983 от 31 июля 1941 года, где была объявлена структура центрального аппарата НКВД СССР. Там было лишь указано на существование (на правах административно-оперативного управления) Штаба истребительных батальонов НКВД. А Особая группа, в качестве самостоятельного отдела, заняла свое «официальное» место в структуре центрального аппарата НКВД только 3 октября 1941 года. Одно из объяснений этого — сотрудникам Второго отдела пришлось заниматься более важными вещами, чем организация партизанского движения на оккупированных территориях и борьба с парашютистами противника. Над Москвой нависла реальная угроза ее захвата немцами, и нужно было организовывать ее защиту. Понятно, что статус Второго отдела НКВД СССР больше подходил для решения таких задач, чем статус Особой группы при Наркоме.