Соединения и воинские части спецназа находились на территории Чеченской республики с осени 1994 года по осень 2007 года. Дольше, чем Советская армия в Афганистане.

На начальном этапе войны в Чечне части спецназа применялись в качестве разведки войсковых частей. И если бы только это! Их использовали затем в составе штурмовых групп при нелепом штурме Грозного. В результате потери были таковы, что 1995 год может быть назван самым трагическим для спецназа за всю его историю. Из-за ошибки генералов, руководивших действиями спецназа в Чечне, попал в плен отряд под командованием майора А. Иванова. Отряд спецназа Московского военного округа был размещен в заминированном чеченскими боевиками здании и понес большие потери.

Однако потом, когда части спецназа стали действовать самостоятельно, применяя тактику, разработанную в период войны в Афганистане, положение изменилось. Спецназ стал действовать в основном в засадах, часто работая по информации, полученной от других спецслужб.

Отдельный отряд спецназа отдельной бригады Северо-кавказского военного округа принимал участие и в событиях в Буденновске летом 1995 года. Он сопровождал колонну с боевиками и заложниками на случай, если поступит команда уничтожить террористов в пути. В январе 1996 года один из отрядов этой же бригады принимал участие в операции по освобождению заложников в селе Первомайское и нанес ощутимые потери прорывающимся боевикам. За этот бой пять офицеров спецназа получили звания Героев Российской Федерации.

По сравнению с предыдущим периодом появились и новые моменты. Так, отряд, действовавший в Чечне, был, как и в Афганистане, укомплектован боевой техникой. Для связи с группами, находящимися на задании, выдавались мобильные телефоны. Также впервые в подразделениях спецназа стали использоваться военнослужащие-контрактники. Но после окончания первой чеченской войны денежная оплата по контрактам была резко уменьшена, и опытные бойцы-контрактники стали увольняться с военной службы, а на их место снова пришли бойцы-срочники. Но все же уровень боевой подготовки вырос. Появились контакты со спецназом других стран.

Между тем обстановка продолжала накаляться. К концу 1997 года стало ясно, что первым регионом, который попытаются захватить ваххабиты, будет республика Дагестан. Поэтому в начале 1998 года в город Каспийск был направлен 8-й отдельный отряд специального назначения из 22-й отдельной бригады. Спустя несколько месяцев ему на смену пришел 3-й отряд. Они сменяли друг друга до августа 1999 года, когда нападение все же произошло. Бойцы спецназа вели разведку местности, изучали систему охраны границы с чеченской стороны, выявляли каналы торговли оружием и пути реализации «левых» нефтепродуктов. С началом боевых действий спецназ занимался тем, в чем и состоит его предназначение— разведкой и диверсиями в расположении боевиков. Группировка специальных войск была усилена отрядами из всех военных округов, действиями которых руководил командир 22-й отдельной бригады спецназа.

После подавления вторжения боевиков в Дагестан спецназ вместе с остальными войсками вошел в Чечню. Занимался он в основном разведкой, подменяя войсковую разведку. В последующем спецназ стал действовать как обычно — вести поиск, устраивать засады, совершать налеты на базы боевиков, досмотры с применением вертолетов, проводить операции по борьбе с мародерами. По оценкам тех, кто воевал в Чечне, в том числе и сотрудников ФСБ, доблестней спецназа ГРУ там не воюет никто. В апреле 2001 года 22-я отдельная бригада спецназа получила звание гвардейской — первая воинская часть, которой присвоено это звание после Великой Отечественной войны.

33-й отдельный отряд спецназа 12-й отдельной бригады спецназа— был направлен в Чечню в середине января 1995 года;

173-й отдельный отряд спецназа (доукомплектованного личным составом 411-го отдельного отряда спецназа) 22-й отдельной бригады спецназа. Со 2 декабря 1994 года находился в Моздоке— разведорганы вели разведку в интересах войск (перед началом и во время штурма Грозного). С декабря 1994 в составе группы «Север» участвовала в уличных боях за Грозный, при проведении спецопераций высаживала десанты по всей территории Чечни. В январе 1996 года подразделения отряда под началом майора В. Недобежкина участвовали в операции по ликвидации бандформирований Радуева в с. Первомайское. Именно это подразделение приняло на себя удар прорывавшейся из кольца окружения группы боевиков общей численностью около 200 человек. Сорок пять спецназовцев отряда уничтожили в бою 85 боевиков. В ноябре 1996 года отряд был выведен из Чечни, но с марта 1998 года спецназовцы вновь начали выполнять специальные задания на территории Дагестана и Чечни;

370-й отдельный отряд спецназа 16-й отдельной бригады спецназа. С 13 января по 2 мая 1995 года находился на территории Чечни. Входе второй чеченской кампании военнослужащие отряда ездили в командировки на Северный Кавказ в составе других отрядов бригады;

503-й отдельный отряд спецназа 3-й отдельной бригады спецназа. В Чечне находился с января по июнь 1995 года;

584-я отдельная рота спецназа 205-й мотострелковой бригады. В Чечне находилась с мая 1995 года по декабрь 1996 года.

691-й отдельный отряд спецназа 67-й отдельной бригады спецназа. Подразделения бригады находились в Чечне с 4 декабря 1994 года по 22 октября 1996 года. С 10 августа 1999 года отряд принимал участие в боевых действиях на Северном Кавказе. В начале 2007 года отряд выведен из Чечни к месту постоянной дислокации.

793-я отдельная рота спецназа 20-й армии. Несколько офицеров и прапорщиков в июне— августе 1996 года находились на территории Чечни в составе сводной бригады Московского военного округа. В 1998 году рота была расформирована.

800-я отдельная рота спецназа 67-го армейского корпуса. Находилась в Чечне с 15 апреля по 10 октября 1996 года. В 1998 году была расформирована.

876-я отдельная рота спецназа 58-й общевойсковой армии. Находилась в Чечне до мая 1996 года. В основном подразделение находилось в Ханкале, их по приказу на вертолете отправляли в горы, далее пешком обрабатывали квадраты в горах, вели поиск и уничтожение непримиримых, сами, или артнаводкой, или авиацией, занимались ликвидацией нефтеперегонных заводов, поиском и освобождением пленных, пленением моджахедов. В мае 1996 года рота участвовала в штурме Бамута.

1071-й Отдельный учебный полк спецназа Ленинградского военного округа. В период Первой чеченской войны полк направил группу офицеров и сержантов во 2-ю бригаду спецназа для формирования сводного отряда, который принимал участие в уничтожении бандформирований на территории Чечни.