На этот раз он взял курс к берегам Бразилии. Сам император Педро пригласил его принять участие в той борьбе, которую вела его страна против Португалии. «Вас кличет свобода», — писал он Кокрейну. И тот поспешил откликнуться. Ситуация в Бразилии, в отличие от Чили, была иной. Только что она сбросила ярмо португальской короны, объявила о независимости и избрала не президента, а своего собственного императора. «Но может ли быть борцом за свободу император?» — думал озадаченный Кокрейн. Такова, однако, была воля народа, решившего отстоять свою молодую независимость от португальцев, пытавшихся вернуть былое владычество.

В начале марта 1923 года Кокрейн прибыл в Рио-де-Жанейро вместе с несколькими английскими морскими офицерами, служившими под его командованием в Чили.

В тот момент положение в Бразилии было таково: южные провинции выразили свою лояльность новому режиму, а северные находились под полным контролем португальских военных гарнизонов, сохранявших верность Лисабону.

Таким образом власть на море становилась решающим фактором. Но у Бразилии имелось всего несколько кораблей и не было опытных моряков. Поэтому, когда Кокрейна назначили главнокомандующим флота, то это лишь звучало громко. На деле под его командование передали всего восемь судов, из которых только два оказались пригодными для ведения военных действий, — небольшой линейный корабль «Педро Примейро», ставший флагманом Кокрейна, и фрегат «Пиранга». Что касается экипажа, то по его словам, все это были бродяги.

Тем не менее Кокрейну и прибывшим с ним офицерам удалось навести кое-какой порядок на флоте, укрепить дисциплину. И уже в апреле эскадра вышла в море, взяв курс на север, к штату Баийя. Там в бухте находился португальский флот, значительно превосходивший силы, которыми располагал Кокрейн. Но громкая его слава вынуждала остерегаться встречи с ним в открытом сражении.

Скоро португальцы убедились в том, что Кокрейн не склонен играть с ними в бирюльки. Однажды ночью он предпринял дерзкую вылазку вверх по реке Парана, где в семи милях от устья португальские корабли чувствовали себя в полной безопасности под прикрытием мощных береговых орудий. Этот маневр Кокрейна считается образцом морского судовождения. Под покровом темноты, когда португальские офицеры беззаботно веселились на балу, суда Кокрейна подошли к неприятелю, готовые к атаке. Вдруг внезапно упал ветер, обмякли паруса. Пришлось срочно поворачивать обратно, чтобы не попасть под огонь береговых орудий. Только это спасло португальцев от разгрома. Теперь они поняли, что спокойной жизни им больше не видать.

Кокрейн тем временем решил переменить тактику — выманить португальцев из их логова, заставить покинуть свое укрытие. Он вновь прибег к своему излюбленному способу. Распространил слух, что собирается атаковать их брандерами, то есть начиненными взрывчаткой вспомогательными судами. Причем позаботился, чтобы слух этот наверняка дошел до противника. И тот клюнул на приманку. Тем более что перевес был явно на стороне португальцев: тринадцать отлично оснащенных судов с хорошо обученными матросами против двух или трех кораблей Кокрейна.

Осмелев, португальцы покинули свое убежище и устремились в открытое море. Вместе с боевыми кораблями и под их прикрытием шел целый караван транспортных судов. Кокрейн милостиво пропустил всех. Затем начал с конца отсекать по одному судну. К утру, когда португальцы заметили, как общипали им хвост, их разъяренный адмирал двинул все свои тринадцать мощных кораблей против «Педро Примейро». Однако Кокрейн с помощью искусного маневра избежал опасности, и противнику ничего не оставалось, как продолжать плыть вперед. В результате многодневного плавания у португальцев под конвоем осталось не более тридцати судов. Половина транспортного каравана была пленена. Могуществу противника в Южной Атлантике был нанесен ощутимый удар.

После этого Кокрейн отправился в устье реки Мараньян, где располагался мощный гарнизон португальцев, держа под контролем целую провинцию. Но атаковать в лоб форт и укрывшиеся за молом корабли было безумием. Кокрейн приказал поднять португальский флаг. Противник, обрадовавшись, что наконец пришла помощь, отправил навстречу соотечественникам военный бриг с поздравлениями и донесениями. Так в руки Кокрейна попали португальские планы, а с ними вместе и капитан судна. Но игра не была закончена. Капитану брига продемонстрировали всю мощь флагмана, заявив, что сильный бразильский флот вот-вот подойдет и тогда заговорят пушки. Затем капитана отпустили, передав ему письмо для португальского командования с предложением капитулировать. На следующий день на борту «Педро Примейро» капитуляция была подписана. Кокрейн стал полновластным хозяином провинции Мараньян.

Во власти португальцев все еще оставалась провинция Пара, лежащая в устье Амазонки. Недолго думая, Кокрейн направил туда свои корабли и вскоре и здесь добился успеха.

Это означало по сути конец войны Бразилии за независимость. Она была выиграна едва ли не одним человеком и одним единственным кораблем. При этом не был потерян ни один матрос.

В Рио-де-Жанейро Кокрейна ждал настоящий триумф. Сам император поднялся на его корабль, чтобы принести благодарность отважному адмиралу от имени всей нации. Его наградили титулом маркиза Мараньяна и орденом Крузейро