В 1875–1876 годах Михаил Дмитриевич возглавлял экспедицию против мятежа феодалов Кокандского ханства, направленную против кочевников-грабителей, разорявших российские пограничные земли. После этого в чине генерал-майора был назначен губернатором и командующим войсками Ферганской области, образованной на территории упраздненного Кокандского ханства. Как военный губернатор Ферганы и начальник всех войск, действовавших в бывшем Кокандском ханстве, принимал участие и руководил баталиями при Кара-Чукуле, Махраме, Минч-Тюбе, Андижане, Тюра-Кургане, Намангане, Таш-Бала, Балыкчи и др. Он же организовал и без особенных потерь совершил изумительную экспедицию, известную под именем «Алайская». Став главой Ферганской области, Скобелев нашел общий язык с покоренными племенами. Сарты хорошо отнеслись к приходу русских, но все же оружие у них было отобрано. Воинственные кипчаки, раз покоренные, держали слово и не восставали. Михаил Дмитриевич обращался с ними «твердо, но с сердцем».