31 декабря 1831 г. Нахимова назначили командиром построенного на Охтенской верфи фрегата «Паллада». Он наблюдал за постройкой, внося усовершенствования, пока фрегат, вошедший в строй в мае 1833 г., не стал показательным. Так, например, 17 августа 1833 г., в плохую видимость, моряк заметил Дагерортский маяк, дал сигнал, что эскадра идет к опасности, и спас большинство кораблей от гибели. На нем он служил под начальством замечательного русского флотоводца, первооткрывателя Антарктиды Ф. Ф. Беллинсгаузена.

В 1834 г. по ходатайству Лазарева, тогда уже главного командира Черноморского флота, Нахимова перевели в Севастополь. В 1836 г. он получил командование над построенным под его же надзором кораблем «Силистрия». На этом линкоре прошли одиннадцать лет его дальнейшей службы. Отдавая все силы работе с экипажем, внушая подчиненным любовь к морскому делу, Павел Степанович сделал «Силистрию» образцовым кораблем, а свое имя популярным на Черноморском флоте, заслужив славу блестящего моряка и отца своих матросов. В 1837 г. он был произведен в капитаны первого ранга. Его корабль участвовал в 1840 г. в десантных операциях при занятии Туапсе и Псезуапе, оказывал помощь Головинскому форту при отражении нападения горцев в 1844 г.

Однажды во время учений корабль черноморской эскадры «Адрианополь», подойдя вплотную к «Силистрии», сделал такой неудачный маневр, что столкновение двух судов стало неизбежным. Видя это, Нахимов приказал: «С крюселя долой» — и быстро отослал матросов в безопасное место за грот-мачту. Сам же он остался на юте один, несмотря на настоятельные просьбы старшего офицера сойти вниз. Врезавшись, «Адрианополь» осыпал осколками Павла Степановича, но по счастливой случайности он не пострадал. Когда вечером один из офицеров спросил его, почему он отказался сойти с юта, Нахимов ответил: «Такие случаи представляются редко, и командир должен ими пользоваться; надо, чтобы команда видела присутствие духа в своем начальнике. Быть может, мне придется с нею идти в сражение, и тогда это отзовется и принесет несомненную пользу».

Павел Степанович прекрасно знал: как прочность здания зависит от фундамента, так и сила флота зиждется на матросе. «Пора нам перестать считать себя помещиками, — замечал он по этому поводу, — а матросов крепостными людьми. Матрос есть главный двигатель на военном корабле, а мы только пружины, которые на него действуют. Матрос управляет парусами, он же наводит орудия на неприятеля; матрос бросится на абордаж, если понадобится; все сделает матрос, ежели мы, начальники, не будем эгоистами, ежели мы не будем смотреть на службу как на средство удовлетворения своего честолюбия, а на подчиненных как на ступени собственного возвышения. Вот кого нам надо возвышать, учить, возбуждать в них смелость, геройство, ежели мы не себялюбцы, а действительно слуги отечества. Вы помните Трафальгарское сражение? Какой там был маневр? Вздор! Весь маневр Нельсона состоял в том, что он знал слабость неприятеля и свою собственную силу и не терял времени, вступая в бой. Слава Нельсона заключается в том, что он постиг дух народной гордости своих подчиненных и одним простым сигналом возбудил запальчивый энтузиазм в простолюдинах, которые были воспитаны им и его предшественниками».

Лазарев безгранично доверял своему ученику. В 1845 г. Нахимов был произведен в контр-адмиралы, и Лазарев сделал его командиром 1-й бригады 4-й флотской дивизии. Моральное влияние Нахимова на весь Черноморский флот было в эти годы так огромно, что могло сравниться с влиянием самого Лазарева. Он дни и ночи отдавал службе, то выходя в море, то стоя на Графской пристани в Севастополе, зорко осматривая все входящие в гавань и выходящие из гавани суда. По единодушным записям очевидцев и современников, от него не ускользала любая мелочь, а его замечаний и выговоров боялись все, начиная с матросов и кончая адмиралами. Только с морем была связана вся его жизнь. Даже денег у него не было, поскольку каждый лишний рубль он отдавал матросам и их семьям, а лишними рублями у него назывались те, которые оставались после оплаты квартиры в Севастополе и расходов на стол, своим «разнообразием» не очень отличавшийся от боцманского.

Е. В. Тарле отмечал: «Когда он, начальник порта, адмирал, командир больших эскадр, выходил на Графскую пристань в Севастополе, там происходили любопытные сцены, одну из которых со слов очевидца, князя Путятина, передает лейтенант П. П. Белавенец. Утром Нахимов приходит на пристань. Там, сняв шапки, уже ожидают адмирала старики, отставные матросы, женщины и дети — все обитатели Южной бухты из севастопольской матросской слободки. Увидев своего любимца, эта ватага мигом, безбоязненно, но с глубочайшим почтением окружает его, и, перебивая друг друга, все разом обращаются к нему с просьбами… «Постойте, постойте-с, — говорит адмирал, — всем разом можно только ура кричать, а не просьбы высказывать. Я ничего не пойму-с. Старик, надень шапку и говори, что тебе надо».

Старый матрос на деревянной ноге и с костылями в руке привел с собой двух маленьких девочек, своих внучек, и прошамкал, что он с малютками одинок, хата его продырявилась, а починить некому. Нахимов обращается к адъютанту: «…Прислать к Позднякову двух плотников, пусть они ему помогают». Старик, которого Нахимов вдруг назвал по фамилии, спрашивает: «А вы, наш милостивец, разве меня помните?» — «Как не помнить лучшего маляра и плясуна на корабле «Три Святителя»… «А тебе что надо?» — обращается Нахимов к старухе. Оказывается, она, вдова мастера из рабочего экипажа, голодает. «Дать ей пять рублей!» — «Денег нет, Павел Степанович!» — отвечает адъютант, заведовавший деньгами, бельем и всем хозяйством Нахимова. «Как денег нет? Отчего нет-с?» — «Да все уже прожиты и розданы!» — «Ну, дайте пока из своих». Но у адъютанта тоже нет таких денег. Пять рублей, да еще в провинции были тогда очень крупной суммой. Тогда Нахимов обращается к мичманам и офицерам, подошедшим к окружающей его толпе: «Господа, дайте мне кто-нибудь взаймы пять рублей!» И старуха получает ассигнованную ей сумму».