Разработанный на основании махновского опыта приказ 11 декабря был распространен и на Сибирь, где, по словам члена Сибревкома В. Косарева, «дело пахло Украиной», так как среди партизан было много анархистов и эсеров.

В Сибири отношение коммунистов к партизанам диктовалось украинским опытом. «Опыт прошлого свидетельствует, что партизанские отряды, включая в себя очень часто элемент не только чисто идейных бойцов, но зачастую ничего общего с ним не имеющий…оказались в моральном отношении вредными, а в военном — малоустойчивыми», — инструктировал начальник полевого штаба Реввоенсовета республики начальника штаба 5-й армии. Поэтому партизаны (несмотря на «выгодные отличия сибирских партизан от южных») могут служить в Красной Армии только после переформирования — не со своими прежними боевыми товарищами.

В ноябре красные взяли Омск и двинулись вглубь Сибири, взаимодействуя с партизанами. Партизанские отряды перешли в наступление. Рогов взял Кузнецк, где устроил «чистку гадам» — расстреливались офицеры, «буржуи» и чиновники — всего до 400 человек. Разрушались церкви.

В декабре вспыхнули восстания в Томске и Иркутске. Коммунисты, анархисты и эсеры сражались плечом к плечу. Правда, в ожидании прихода РККА некоторые коммунистические командиры стали втихаря расстреливать анархистов, но пока это было скорее исключение.

Тем временем 4 января 1920 г. Каландаришвили подошел к Иркутску. Власть в городе взял эсеро-меньшевистский Политцентр, который арестовал Колчака. Политцентр договорился с большевиками о создании буферного государства в Сибири. Правда, эта договоренность продержалась 4 дня. На город шли каппелевцы, и перед этой угрозой 21 января, опираясь на партизан и красногвардейцев, власть взял большевистско-левоэсеровский ревком. 7 февраля Колчак был расстрелян. Каландаришвили вошел в Иркутск и принял участие в обороне города, затем преследовал каппелевцев на восток. Их остатки отошли на территорию буферной Дальневосточной республики. Красная Армия заняла Сибирь.

Когда победа была одержана, партизанские командиры, сражавшиеся против Колчака, с удивлением выслушали приказ — оружие сдать, бойцов передать в красные части, самим получить новые назначения, не связанные с непосредственным командованием войсками. Затем начались аресты. За решеткой оказались Г. Рогов, И. Новоселов, П. Лубков, А. Кравченко, Е. Мамонтов, И. Третьяк.

Рогова арестовали 25 декабря за грабежи церквей, учиненные его бойцами. Учитывая отношение коммунистов к церкви, это был скорее повод. В приказе по гарнизону Барнаула говорилось, что Рогов своими действиями «восстановил против себя трудовое крестьянство Сибири». Но в том же приказе признается, что это не совсем так — крестьяне Причумышья собирают съезды в защиту своего героя. Против Рогова выступали крестьяне прежде всего тех районов, которые были заняты роговцами в последний период борьбы, когда он уже не вполне контролировал свою разросшуюся армию.

В заключении Рогова избивали, требуя, чтобы он покаялся за разграбление Кузнецка. Правда, при дальнейшем разбирательстве выяснилось, что слухи о грабежах в Кузнецке преувеличены.

Новоселов бежал. Он не собирался сдаваться и, как пересказывали крестьяне, говорил: «Всякая власть есть гнет, и Советская власть тоже гнет. Пусть кто хочет, топчется с ней на одном месте, а мы весной сделаем восстание, будем резать ревкомы и ячейки… Революция не кончена, мы на полпути не остановимся».

Ветераны борьбы с Колчаком роптали: за что боролись! Лихие командиры сидят в подвалах ЧК, на командные должности назначаются бывшие офицеры. Пришла продразверстка — поборы в пользу дармоедского города, а там «засели гады» — те же чиновники, что работали и на Колчака. Комиссары получают богатые пайки, а народ вот-вот начнет голодать. В Усть-Каменогорске и Семипалатинске прошли волнения бойцов-мамонтовцев. Их урезонили, но обстановка продолжала накаляться.

Война продолжалась восточнее — за Байкалом вплоть до Тихого океана. Здесь выдвинулся анархист Яков Тряпицын. На Первой мировой войне он получил два Георгия и чин прапорщика, участвовал в октябрьском перевороте. Оказавшись в Иркутске, был арестован белыми, бежал в Приморье, вступил в партизанский отряд Г. Шевченко, потом с небольшой группой стал действовать самостоятельно. Так же начинал и Новоселов.

К осени 1919 г. японцы и казаки атамана Калмыкова нанесли партизанам сокрушительное поражение. Остатки партизан и подпольщиков 2 ноября собрались в с. Анастасьевке Хабаровского уезда. Тряпицын предложил двигаться по Амуру, где можно поднять новых бойцов, создать обширную советскую территорию. С ним пошли только 19 человек. Тряпицын произнес речь: «Сегодня мы начинаем поход по Амуру, имея целью восстановление Советской власти. Вперед, за власть Советов!» Им предстояло пройти 700 километров пешком, по сугробам и болотам. Правда, часть пути противник не замечал этой микроскопической армии. Но вскоре отряд стал вполне реальной силой. Тряпицын убеждал таежников и крестьян, что нет жизни лучше, чем при Советской власти — их собственной, ими выбранной из своих односельчан. Но чтобы отстоять эту жизнь, нужно победить белых карателей и японских империалистов, которые собираются покорить Дальний Восток.

Партизаны проявляли невиданную маневренность. «Применение маневренных, подвижных отрядов лыжников партизанами Приамурья было своеобразным вкладом в военное искусство». В конце ноября, пройдя за три недели более полпути, около 100 партизан заняли Циммермановку. Тут Тряпицын передал командование своему командиру Н. Бузину-Бичу, а сам с несколькими людьми ушел в тайгу. Создав один отряд, он пошел создавать второй, считая, что Бузин справится за него.

Бузин и справился, разбив отряд белых, атаковавший Циммермановку. Белые сосредоточились в Мариинке, возникла патовая ситуация. Но тут в тылу белых на Амур из тайги вышел Тряпицын с отрядом в 100–200 бойцов. После этого белым не оставалось ничего, как уходить к океану, очистив Амур. По дороге часть белых разбежалась и перешла на сторону партизан. Под новый год 1300 партизан Тряпицына вышли к Николаевску-на-Амуре, занятому белогвардейцами и японцами (около 500 бойцов). 19 января была провозглашена Красная Армия Николаевского фронта во главе с Тряпицыным. В комсоставе были коммунисты, анархисты и эсеры-максималисты.

27 января белые казнили парламентеров Тряпицына. Бои закипели с новой силой. Когда положение интервентов стало безнадежным, они заявили, что готовы придерживаться нейтралитета. 29 февраля красные вошли в Николаевск-на-Амуре. Здесь были установлены порядки, мало отличавшиеся от других городов, занятых красными. Тряпицын считал, что в зоне военных действий говорить об установлении анархии не приходится. Исполком совета занялся организацией снабжение населения и… сбором экспонатов для краеведческого музея. Власть в Николаевске была многопартийной — было создано Бюро левых советских партий, в которое входили большевики, анархисты и максималисты. Была установлена твердая дисциплина, наказания за пьянство и мародерство — вплоть до расстрела.

В это время по инициативе РКП(б) началось формирование буфера между Советской Россией и Японией, каковым должна была стать формально независимая Дальневосточная республика (ДВР). ДВР должна была строиться на многопартийной основе. Гражданская война в Приморье на время прекратилась, партизанские отряды вошли в города и сосуществовали с остатками белых сил. Японцы рассматривали сложившуюся ситуацию через призму задачи закрепиться на Дальнем Востоке. Буфер под контролем левых сил их не устраивал, им нужно было марионеточное прояпонское правительство.

Особенно японцев интересовал Сахалин, северная часть которого принадлежала России, и его административная столица — расположенный на материке Николаевск-на-Амуре. Выманив партизан в города, японцы завершали подготовку к удару по красным на Дальнем Востоке. В ночь на 12 марта японцы внезапно напали на армию Тряпицына, вероломно нарушив соглашение о нейтралитете. Из-за применения японцами зажигательных ракет в деревянном Николаевске возникли пожары. Тряпицын был дважды ранен в ногу. В этой обстановке командир Рогозин расстрелял заключенных тюрьмы.

Натиск японцев удалось отбить, к 15 марта их батальон был уничтожен. В плен попали 128 японцев, в основном обслуживающий персонал оккупационных сил, в том числе женщины из публичного дома.

После этого инцидента Тряпицын по радио стал выступать против перемирия с японцами, предупреждая, что они могут нарушить его в любой момент и устроить резню. Тряпицын выступал и против идеи буфера, который дает возможность белым готовить вероломное нападение вместе с японцами. «Злопыхатели много времени спустя будут обвинять уже мертвого Тряпицына в подстрекательстве к войне с Японией. К сожалению, апрельские события подтвердили правоту Тряпицына и его штаба», — комментирует историк Г. Левкин. Предупреждения Тряпицына вызвали у лидеров коммунистов раздражение — ведь и в РКП(б) на Дальнем Востоке было немало противников как буфера, так и переговоров с японцами, которые могли оказаться ловушкой. Агитация Тряпицына могла сорвать игру.

Тряпицын не убедил лидеров приморских большевиков. Многим из них это будет стоить жизни. Игру сорвали японцы. В ночь на 5 апреля, в разгар переговоров о выводе японских войск с Дальнего Востока, японцы начали резню красных на Дальнем Востоке — Николаевск был только репетицией. Погибло более 7000 человек, в том числе лидер приморских партизан Сергей Лазо.

22 апреля, выстраивая армию ДВР после первого японского удара, главком Генрих Эйхе назначил Тряпицына командующим Охотским фронтом, в зону ответственности которого входил и Хабаровск. Это показывает, что красное командование рассчитывало, что именно армия Тряпицына, как лучше всего сохранившаяся после удара японцев, будет наступать на Хабаровск.

Но японцы не были намерены отдавать Тряпицыну инициативу и высадились под Николаевском. Естественный путь отступления для него был в сторону Хабаровска, но тогда на Амуре армия Тряпицына была бы зажата с двух сторон — от Хабаровска шли японские канонерки с десантом. Комфронта находит остроумное решение — отступать на реку Амгунь, впадающую в Амур. Таким образом, фронт красных располагался близ Николаевска, сковывая японцев, тыл располагался в селе Керби — достаточно далеко от Николаевска и от моря, что исключало его быстрый захват японцами. Но в случае поражения Охотского фронта все равно оставалась возможность отступать на занятый красными Благовещенск. Во всех отношениях удачная позиция, если бы речь шла только о войне с Японией.

Чтобы не дать японцам возможности создать в Николаевске удобную базу, Тряпицын приказал 1 июня сжечь город, эвакуировав население в Керби. Такое поведение в стиле 1812 г. значительно снизило ценность Николаевска для японцев. Шокирующее воздействие на Японию произвело другое решение Тряпицына — перед отходом из города захваченные в плен подданные Японии были расстреляны. Страна восходящего солнца была шокирована, Северная экспедиция повернулась к ней жутким лицом террора. Тряпицын поступил с японцами (правда, не совсем уж мирными, учитывая, что они в большинстве своем прибыли для обеспечения агрессии и участвовали в боях) так же, как японцы привыкли поступать с русским населением Дальнего Востока. Так, 22 марта 1919 г. японцы сожгли село Ивановка вместе с 257 жителями. И это — только один из случаев.

Население Николаевска отправилось в Керби на пароходах, а армия отходила по болотистой местности и измоталась. Обострились конфликты. В этих условиях против Тряпицына возник заговор части командиров.

1 июля он был арестован и 9 июля расстрелян вместе с частью соратников и женой, а его армия распалась. Коммунисты ДВР отнеслись к этому перевороту благожелательно — Тряпицын был врагом японцев, а с ними предстояло потом мириться.