14 октября 1907 года заведующийпустынью Фиваида иеросхимонах Измарагд, согласно его усиленной просьбе, от должности уволился, и на его место был назначен заведующим схимонах Кирилл (Бакакин), который усердно старался о возобновлении приостановленной постройки собора. Он стал вести переписку с отцом Досифеем, который письменно уверял о своем содействии в деле храмоздания и прислал благодетеля К. Я. Гв., который обещал помочь и даже совсем приехать на жительство в Фиваиду, но, увы, сему не суждено было осуществиться.

В это время, то есть 18 октября, прибыл в Фиваиду на постоянное жительство почтенный старец, бывший игумен Троицкого монастыря Киевской епархии Варсонофий (Тверстунов). 26 февраля 1912 года он принял святую схиму с именем Пантелеимон. Со времени прибытия в Фиваиду он все время до самой кончины, последовавшей 16 июня 1915 года, жил уединенно в корпусе близ моря. Этот старец был весьма смиренный, с покорностью воле Божией нес крест своих болезней и внимал своему спасению. Вся фиваидская братия с благоговением взирала на него как на терпеливого страдальца и родственно его уважала как своего великодушного и щедрого благотворителя для нового соборного храма, в строительство которого он внес свою лепту.

Наконец 24 октября 1908 года давно ожидаемый иеромонах отец Досифей прибыл в Фиваиду в сопровождении монастырских старцев: иеромонаха отца Варлаама, отца Аристоклия и других и был с любовью принят братством Фиваиды. 24 ноября того же 1908 года заведующий схимонах Кирилл и благочинный иеросхимонах Митрофан представляли отцу игумену прошение от братства Фиваиды о разрешении и благословении продолжать постройку храма. Отец игумен Мисаил, с отеческой любовью приняв прошение, благословил продолжать постройку, строителем же быть просил (письменно) отца Досифея, но он от постройки собора уклонился по стечению обстоятельств и причинам, ему одному ведомым, причем при личном разговоре с отцом Кириллом он заявил, что, по причине взятия кратковременного отпуска для посещения Святой Палестины и Афона, он должен возвратиться, да к тому же и не имеет средств для этой постройки. Тем дело и кончилось. Прошло еще немалое время, а о возобновлении постройки соборного храма терялась всякая надежда.

Грустно было смотреть на этот хаос, груды разбросанных камней, которые там и сям валялись, словно после пожара или неприятельского разгрома. Это печальное зрелище мозолило глаза и смиренному фиваидцу, и приезжему посетителю.

Отец Кирилл по слабости здоровья и после неоднократной просьбы уволился от заведования Фиваидой, а на его место был назначен иеросхимонах отец Митрофан, благочинный. Отец Митрофан также усердно желал скорее возобновить постройку храма, ибо уже чувствовались в оном великие вопиющие нужды: число братий умножилось до 250 человек, кроме того, немало бывает приходящих к праздникам на бдении, как-то: с Иваницы и других мест скоплялось до 300 человек, так что во время богослужений малый храм не мог вместить всех иноков, в особенности на бдении, которое продолжается 7–8, а иногда даже 9 часов. Многим приходилось стоять без форм где-либо в коридоре или даже во дворе под открытым небом, иногда и под дождем, а зимой и под снегом или на холодном ветру, отчего некоторые из иноков, не рискуя получить болезнь (ревматизм или другое что), оставались у себя в келье и чрез то лишались церковного соприсутствия и приобщения Святых Христовых Таин, что составляет немалый ущерб в духовной жизни инока-фиваидца. Поэтому-то постройка нового собора являлась необходимой потребностью. Скорбь фиваидцев была немалая. Но когда уже истощились все надежды на помощь человеческую и не виделось даже просвета надежды, тогда Сама Царица Небесная пришла на помощь скорбящим фиваидцам.

В храмовый праздник преподобных Афонских, то есть 20 июня 1909 года, Матерь Божия порадовала фиваидское братство. А. Г., схимонах из числа фиваидской братии, изъявил желание пожертвовать свои средства в несколько тысяч для продолжения постройки соборного храма, и отец игумен Мисаил, бывший на храмовом празднике, с радостью дал полное благословение сломать часть старой соборной церкви и оканчивать заложенный фундамент. Усердие нашего собрата схимонаха А. Г. и игуменское благословение на продолжение постройки храма весьма ободрило дух братства Фиваиды.

С этого времени заметно было особое проявление чудесной помощи свыше, и во всем, даже и в малом проявлялась некая таинственная распорядительность и промышление и почивало явно благословение Божие. Невольно обращают на себя внимание следующие чудесные обстоятельства постройки собора.