Эти учебные заведения впервые были организованы в Иране и Ираке в XI в., заменив неформальные школы права и теологии, которые организовывались ранее при знаменитых теологах и правоведах. Однако, как утверждается в работе W. Barthold, Histoire des Turcs d'Asie centrale (Paris: Maisonneuve, 1945), p.48, у этих учебных заведений более древняя история, что объясняет расцвет науки в таких городах, как Бухара. В II—VIII вв. в районе Амударьи процветали учебные заведения, они назывались медресе и являлись мусульманским вариантом буддийских образовательных заведений. За буддийским школами в районе Амударьи стоят, в свою очередь, индийские школы, восходящие к Упанишадам.
