Только в начале XVII в. португальцы, обследовав почти все берега Мадагаскара, кроме части западного побережья длиной около 700 км, сделали попытку «освоить» его. Первые достоверные сведения об острове собрал иезуит Луиш Мариану, в 1613—1619 гг. принимавший участие в направленных туда религиозных и политических миссиях. Во время первого путешествия, прибыв из Гоа, он с несколькими спутниками посетил заливы западного берега от бухты Бомбетука (у 16° ю. ш.) до крайнего юго-запада, т. е. ознакомился если не со всем неизвестным участком побережья, то по крайней мере с большей его частью, а также с низовьями многочисленных рек, прорезающих Приморскую низменность. Затем Мариану прошел по низменности южной оконечности Мадагаскара на восток, к бухте Галионов (район современного г. Форт-Дофин), где обнаружил следы португальцев, потерпевших крушение в 1527 г.

Во время второго путешествия — и снова из Гоа — базой Мариану сначала стал поселок в устье Манамбулу, впадающей в Мозамбикский залив у 19° ю. ш. Разочаровавшись в перспективах крещения местных жителей, он перешел на север, в бухту Ампасиндава (у 13°45' ю. ш.), но местный царек, ценивший торговлю с арабами больше, чем португальскую духовную пищу, предложил ему убраться. Мариану — основоположник одной из наиболее вероятных гипотез заселения Мадагаскара: «Первые жители острова… пришли — одни из. Малакки [Индонезии], другие из Кафрарии [Восточной Африки], а позднее прибыли в северо-западный район мавры из Индии или Аравии — задолго до португальцев. В языке и обычаях туземцев находят следы этих различных народов». Мариану, владевший и «кафрскими» (банту) и малагасийским языками, указывал, что весь западный берег между 16 и 20° ю. ш. — от бухты Бомбетука до р. Цирибихина — был занят африканцами «кафрского языка».

Французские мореходы из Дьеппа на пути в Индию иногда высаживались на Мадагаскаре. С 1630 г. устье Унилахи (западный берег, у тропика Козерога) не раз посещали капитаны двух пиратских судов. Один из них, Алонс Губер, в 1638 г. провел полгода в приморском районе юго-восточной части острова: большинство команды его корабля и многие колонисты, направлявшиеся на о. Маврикий, болели малярией. За это время Франсуа Кош, матрос Губера, выполнил первую рекогносцировку внутренних областей Мадагаскара, разведав одну из межгорных долин длиной около 100 км.

Оставленный Губером в должности начальника «ячейки» будущей колонии, Кош при содействии местных вождей прошел на север вдоль всего восточного побережья Мадагаскара до северного берега залива Антонжиль. Там он случайно встретил знакомого голландского капитана-работорговца и с его помощью посетил прибрежный о. Сент-Мари.

Вернувшись к южной оконечности, Кош впервые проник на север примерно на 400 км — в горный район верховьев р. Мангуки — и по ее долине прошел на запад к устью. Он аттестовал местных жителей как «самых диких во всей стране Мадегас», но вернулся в начале февраля 1642 г. живым и здоровым да еще с гуртом крупного рогатого скота.

В марте 1644 г. Кош покинул Мадагаскар и 21 июля того же года прибыл во Францию. Его рассказ о скитаниях по острову был опубликован в 1651 г.

Английская Ост-Индская торговая компания, основанная в 1600 г., стремясь завладеть концессиями в Аравии, в 1608 г. направила туда два судна. В Мозамбикском проливе неблагоприятные ветры отнесли их к северо-востоку, и 19 января 1609 г. англичане усмотрели землю, оказавшуюся островом (Силуэт) из группы Сейшельских. Посланный к нему за водой ялик вернулся с большим количеством крупных черепах. Моряки наблюдали также несколько других островов, в том числе Праслен. У самого крупного (Маэ) суда простояли до 30 января. Торговый агент компании Джон Джурдэн составил первое из дошедших до нас описаний Сейшел, отметив, в частности, «съедобные орехи» — плоды эндемичной сейшельской пальмы, масса которых колеблется от 9 до 16 кг, редко — до 25 кг. Джурдэн рекомендовал Сейшельские острова в качестве базы отдыха на пути в Индию.

В конце XVI в. в Индонезии у португальцев появились опасные соперники: с 1595 г. на Яве осели голландцы. Основанная ими в 1602 г. Ост-Индская компания постепенно стала вытеснять португальцев и обеспечила себе почти исключительное господство над торговлей с индонезийскими островами. Кроме пряностей, западноевропейцев интересовали, конечно, золото и алмазы. Этим и объясняется их повышенное внимание к о. Калимантан. Ряд представителей компании в 1604—1608 гг. появлялся у юго-западных, южных и юго-восточных берегов гигантского острова. Однако никакими географическими сведениями даже о его прибрежных районах, не говоря уже о внутренних областях, за этот период наука не располагает до настоящего времени. Все, что касалось географии и картографии Калимантана, голландцы считали секретным и за изготовление карт карали, как за воровство. Вот почему большинство изображений острова до первой четверти XVI в. было фантастичным.

Впервые довольно точно и полно Калимантан заснял Пьер Вертело, нормандец на португальской службе, главный пилот португальской Индии. В 1627 г. он обошел вокруг всего острова, длина береговой линии которого составляет более 4500 км. Вертело первый разрушил миф о множестве крупных островов там, где в действительности находится непрерывное побережье Южного Калимантана. В 1635 г. он опубликовал карту острова, на которой показал — скорее всего по расспросам — также единый о. Сулавеси.

Закончив захват центральных островов Филиппинского архипелага, Мигель Легаспи уже мог не бояться португальской угрозы со стороны Молукк. Все же он предпочел обосноваться подальше от них и обратил внимание на северную часть Филиппин. В начале мая 1570 г. он направил капитана Мартина Гоити на двух судах с отрядом в 90 солдат на север от о. Себу. Гоити оккупировал о. Миндоро, захватил стоявшие в его портах китайские корабли с товарами и собрал сведения о Лусоне, величайшем острове архипелага, его воинственных жителях и их флоте. Около 23 мая он вошел в великолепную Манильскую бухту и произвел высадку. Переговоры с местным князьком не привели к соглашению. Тогда испанцы вмешались в междоусобную войну, сожгли поселок Манилу и перебили многих жителей, считая, очевидно, что эти меры «убеждения» заставят лусонцев покориться. С предложениями мира, однако, никто не явился, и в середине июня захватчики вернулись на о. Себу.

Назначенный в 1570—1571 гг. губернатором Филиппин, М. Легаспи начал захват Лусона, он использовал Манильскую бухту как базу для своего флота, восстановил Манилу и превратил ее в центр новых островных владений, которые оставались испанской колонией до конца XIX в. Перед смертью (20 августа 1572 г.) М. Легаспи отправил своего внука капитана Хуана Сальседо на обследование о. Лусон. На двух маленьких лодках с 15 солдатами в мае — августе он обошел почти весь остров — до о-вов Полильо, причем осмотрел эстуарий р. Кагаян, крупнейшей реки Лусона, и проследил с моря хребет Сьерра-Мадре на восточном побережье. Испанцы вернулись в Манилу очень ослабевшие, так как прошли на веслах более 1300 км. В 1573 г. X. Сальседо завершил изучение острова, посетив с отрядом в 120 солдат юго-восточный узкий полуостров, в бухте Альбай основал город Легаспи, присоединил к испанским владениям о. Катандуанес и оставил там гарнизоны.

Диего Лопес Поведано, участник экспедиции М. Легаспи, за службу испанской короне получил владения на о. Негрос. В 1572 г. он обошел весь остров и с помощью компаса создал его карту, обнаруженную лишь в 1833 г. Много названий, помещенных на ней, отвечает современным. К 1573 г. испанцы имели довольно отчетливое представление обо всем Филиппинском архипелаге: еще один участник экспедиции М. Легаспи капитан Диего Артьеда составил донесение королю — первое описание Филиппин. Начинает он с о. Минданао, ошибочно преувеличив длину и преуменьшив ширину острова. Он знает лишь северную оконечность Минданао и впадающую неподалеку «реку Бутуан», т. е. Агусан. Затем Д. Артьеда дает очень краткие, но относительно правильные характеристики островов Самар, Лейте, Себу, Негрос, Папай, Масбате, Бохоль и Лусон,

Уже упоминавшийся Э. Родригес де Фигероа принимал участие в нескольких походах М. Гоити и других конкистадоров. За храбрость он был произведен в капитаны и стал губернатором о. Панай. В 1590 г. Э. Родригес начал подготовку к вторжению на о. Минданао: второй по величине остров Филиппинского архипелага еще не попал под испанскую «руку». Завоевание его по разным причинам откладывалось, и лишь в середине апреля 1596 г. большая флотилия (50 судов) направилась к острову. 22 апреля оккупанты высадились в устье р. Пуланги, протекающей но большой заболоченной равнине. Отправленный на рекогносцировку крупный отряд не вернулся к назначенному сроку, тогда Родригес сошел на берег с группой солдат, попал в засаду и, получив смертельную рану, вскоре умер. Его преемник бросил отряд и сбежал в Манилу; без командира испанцы прошли по узкому западному полуострову и укрепились на его южной оконечности. Новый командир вернул оккупационное соединение к устью р. Пуланги и разгромил островитян в нескольких десятках километров выше но течению реки. «Отметив» свою победу рубкой или сожжением 50 тыс. кокосовых и саговых пальм, испанцы отбыли в Манилу, но оставили на западном полуострове гарнизон (100 человек).

Оккупация Филиппин сопровождалась, как, впрочем, и везде, принудительной христианизацией местных жителей. На островах архипелага действовали миссионеры, представители нескольких орденов католической церкви, поделившие Филиппины между собой по географо-этническим признакам. Испанское влияние было наиболее прочным в приморских районах островов, менее значительным — у подножия горных массивов и фактически отсутствовало в горных местностях. Вне испанского контроля находилась большая часть территории о. Минданао, архипелаг Сулу, о. Палаван, а также середина и северо-западная область о. Лусон. Созданные католическими миссионерами центры приходов превратились в наши дни в важные районы расселения.