В 1251 году земли Средней Азии, составлявшие тогда Чагатайский улус, вышли на короткое время из повиновения дому Чагатая. Золотоордынский хан Батый заключил с сыном Тулуя Мунке союз против потомков Угедея и Чагатая. На курултае в Каракоруме в 1251 году Мунке при содействии Батыя захватил власть каана (кагана) над Монгольской империей в свои руки. Рашид ад-дин подробно рассказывает о событиях, при которых произошел этот переворот.

Когда появились первые признаки неповиновения власти Мунке-каана, последний начал преследовать своих действительных и мнимых противников. Большинство членов домов Чагатая и Угедея, а также их эмиров было истреблено. Последствием этого переворота была передача Мавераннахра под власть Золотой Орды, сначала Батыя, а потом Берке-хана (1256—1266). При Мунке, ставшем великим монгольским ханом (1251—1259), произошло крупнейшее политическое событие — поход его брата Хулагу в Иран. В сентябре 1254 года, согласно рассказу Рашид ад-дина, Хулагу-хан разбил свою ставку на равнине Кан-и-Гиль, у самого Самарканда. Откупщик Масудбек расставил здесь для него тканный чистым золотом шатер. В течение сорока дней самаркандская знать устраивала монгольскому завоевателю пиры, охоты и другие увеселения. Поход Хулагу имел последствием полное завоевание Ирана. В 1258 году Хулагу-хан захватил Багдад и уничтожил аббасидский халифат. Вскоре в Иране с центром в Тебризе было положено начало монгольскому Хулагуидскому государству.

В 60-х годах внуку Чагатая Алгую удалось выгнать из Мавераннахра золотоордынских чиновников и восстановить Чагатайский улус. Опираясь на 15-тысячное войско, Алгуй в Чагатайском улусе мог чувствовать себя прочно. В Самарканде, Бухаре и других местах Мавераннахра люди Алгуя сводили счеты со всеми, кто служил Джучидам в годы изгнания Чагатаидов. Среди пострадавших за связи с Берке-ханом был и сын знаменитого бухарского шейха Сейф ад-дина Бахарзи. В связи с арестами и казнями была проведена конфискация личного имущества казненных. Было восстановлено в Чагатайском улусе правление откупщика Масудбека. Согласно описаниям Рашид ад-дина, Масудбек, по приказу Мунке-каана, кроме Мавераннахра, управлял еще городами уйгуров, Ферганой и Хорезмом. Таким образом, Масудбек был откупщиком в Чагатайском улусе с небольшим перерывом со времени отъезда его отца Махмуда Ялавача в 1248 году к великому хану Угедею и до своей смерти в 1289 году. Чагатайские ханы мало вмешивались в дела управления Мавераннахром и интересовались главным образом доходами с него, которые аккуратно поступали от Масудбека как откупщика налогов и податей. Рашид ад-дин рассказывает, что когда Алгуй-хан взял себе в жены ханшу Эргене-хатун, то, зная ее хорошее, полное доверия, отношение к Масудбеку, предоставил последнему Мавераннахр в бесконтрольное управление. Масудбек старался всячески угодить Алгую и беспощадно обирал земледельческое и ремесленное население городов. Благодаря таким поборам дела Алгуя улучшились настолько, что он мог содержать большое и хорошо вооруженное войско. В 60-х годах XIII века, вскоре после смерти Алгуя, внутри Чагатайского дома начались расхождения по вопросу о Мавераннахре. Чагатай и его ближайшее монгольское окружение были отрицательно настроены к исламу и исламской культуре. Однако чагатайские ханы — Мубарек-шах и Борак-хан — приняли ислам. Более того: церемония возведения Мубарек-шаха на чагатайский престол в 1266 году происходила не в долине реки Или, а в Мавераннахре, в долине реки Ангрена, что говорит о перемене взглядов на Мавераннахр и о желании хана быть вблизи этой богатой страны, если не в ней самой. Тогда же вместе с Мубарек-шахом в Мавераннахр перебрались и некоторые монгольские роды, в том числе джелаиры и барласы. Первые избрали местом своих кочевий долину Ангрена, вторые — долину Кашкадарьи. Эти роды пришли из Семиречья уже в какой-то мере в отношении языка отюреченными. Процесс отюречивания на новых местах ускорился; не прошло и столетия, как джелаиры и барласы вошли в состав тюркских племен.

Политика усиления внимания к Мавераннахру в некоторых кругах Чагатайского дома, особенно среди кочевий монгольской аристократии, встречала резкую оппозицию. Под влиянием последней чагатайский хан Кайду в 1269 году собрал в Таласской долине курултай монгольских царевичей и нойонов. На курултае победили противники ориентации на Мавераннахр, и участники курултая заключили, по словам Рашид ад-дина, между собой договор, «что они впредь будут жить в горах и степях, не будут держаться вокруг городов, не будут пускать скот на засеянные поля и делать необоснованные взыскания с подданных».

Постановление курултая 1269 года не могло, однако, затушевать глубокого противоречия внутри Чагатайского улуса по вопросу о Мавераннахре. Ханы все больше сочувствовали переходу к городской жизни и стремились взять непосредственно в свои руки власть над богатой, культурной страной — Мавераннахром. Более того: все больше углублялись различия между монголами Семиречья и джелаирами и барласами, осевшими в Мавераннахре. Оставшиеся в Семиречье чагатаи смотрели с презрением на чагатаев, переехавших в Мавераннахр и утративших тем самым чистоту кочевнических традиций, и презрительно именовали их «караунасами», то есть метисами. В свою очередь последние рассматривали чагатаев в Семиречье как отсталых и грубых варваров и называли их «джете», то есть разбойниками. Чагатайский улус постепенно распался на две части: Мавераннахр и Моголистан, включающий в себя, кроме Семиречья, Кашгар. Однако это произошло только в XIV веке.

В XIV веке противоречия между чагатайскими ханами, стремившимися к установлению прочных связей с культурными районами, и военной кочевой аристократией, желавшей продолжать кочевнические традиции, обострились до крайности. Ярким выразителем первого направления был чагатайский хан Кебек (1318—1326), выстроивший себе в двух фарсангах (12-14 километров) от Несефа дворец (карши). Впоследствии около этого дворца вырос целый город, перенявший имя Карши и перетянувший к себе жизнь из пришедшего в упадок Несефа. Ко времени Кебек-хана откупная система взимания налогов и податей, а также система управления Мавераннахром совершенно изжили себя. Сельское и городское население, недовольное откупными порядками, готово было энергично поддержать попытку чагатайских ханов взять в свои руки управление страной. Это обстоятельство и учитывал Кебек-хан, когда приступил к проведению в жизнь двух важных реформ: денежной и административной — так как Мавераннахр в это время очень страдал из-за отсутствия единой денежной системы с соседними мусульманскими странами. Этот недостаток и решил восполнить Кебек-хан. За образец он принял денежную систему, введенную Газан-ханом в Иране.

Отсутствие единого монетного образца, а также единой и обязательной для всех пробы золота и серебра во владениях Хулагуидов до Газан-хана привело к большой денежной пестроте и к многочисленным злоупотреблениям, подрывавшим народное благосостояние. Согласно описаниям Рашид ад-дина, купцы в большей мере были заинтересованы скупкой и спекуляцией золотыми и серебряными монетами, чем продажей своих товаров. Они скупали монету в областях, где она была более высокого качества, и спекулировали ею в районах, где монета была низкопробной.

Чтобы изжить все эти злоупотребления, Газан-хан издал, по словам Рашид ад-дина, указ, согласно которому на территории всего государства серебро в чеканной монете должно было равняться по весу трем мискалям в одном динаре.

На основании этих слов Рашид ад-дина В. В. Бартольд в своей классической работе «Персидская надпись на стене анийской мечети Мануче» и высказал положение, что при Хулагуидах основной монетой государства был серебряный динар в три мискаля весом и что золотые монеты «при Хулагуидах, как и его преемниках — Джалаиридах, чеканились только в ограниченном количестве, для торжественных случаев». В. В. Бартольд, несомненно, прав в этом своем положении, однако для точности следует внести оговорку. В том же указе предписывается чеканить и золотые монеты весом в 100 мискалей. По-видимому, золота было не так уж мало, если при Джалаиридах, во время похода Тохтамыша в 1385—1386 годах на Тебриз, жители города должны были внести и внесли в качестве оплаты за обещание снять осаду 250 туманов золотом. В указанной работе В. В. Бартольд исчерпывающе выяснил, что серебряный динар содержал шесть дирхемов, каждый весом в полмискаля.

В начале XIV века в Мавераннахре наблюдалась такая же беспорядочность в денежном обращении, такие же злоупотребления чиновников и спекулянтов, как и в Иране при Хулагуидах. Кебек решил прекратить анархию денежного обращения введением единой монетной системы по образцу Газан-хана. Таким образом, и в Мавераннахре, как в Иране и Золотой Орде, стали ходить серебряные динары и дирхемы, однако с некоторой разницей в весе: динар весил 2 мискаля, а дирхем соответственно этому — 1/3 мискаля.

Впрочем, в конце хулагуидского периода, при хане Абу Сейиде (1316—1335), та же картина наблюдалась и у Хулагуидов.

Кроме монетной реформы Газан-хан провел и унификацию весовых единиц. По словам Рашид ад-дина, он пригласил двух устадов (мастеров) — Фахр ад-дина и Беха ад-дина — из Хорасана и поручил им изготовить образцы единой для всего государства системы гирь. Для гирь была избрана восьмигранная форма, снабженная определенным штампом. Всего гирь было установлено 11, весом от 10 манов (ман равен 260 дирхемам) до 1 дирхема: 10; 5; 2; 1; 0,5; 0,25; 0,125 мана, 10; 5; 2; 1 дирхем.

Однако в источниках нет указаний на то, что Кебек по образцу монетной реформы провел реформу унификации весовых единиц, в чем также нуждалась страна.

Огромное значение в жизни Мавераннахра имела административная реформа, проведенная, по-видимому, также Кебе ком, хотя об этом нет прямых указаний в первоисточниках.

Из описаний Ибн Арабшаха мы видим, что в начале политической карьеры Тимура Самарканд со всеми рустаками образовывал семь туменов, а Фергана — девять туменов. Под туменом, продолжает Ибн Арабшах, нужно понимать термин, обозначающий такое количество населения, из которого можно было призвать тумен, то есть 10 тысяч войска (ополчения). Таким образом, еще до Тимура Мавераннахр был разбит на военно-административные округа. До Кебек-хана (1318—1326) деления на тумены не было, после него до Тимура также никто не мог бы провести этой реформы. Исходя из этого и принимая во внимание реформаторский характер деятельности Кебек-хана, можно со значительной уверенностью приписать административную реформу ему.

До Кебек-хана, особенно если взять вторую половину XIII века, управление Мавераннахром шло как бы в двойном направлении. С одной стороны, в городах имелись уцелевшие местные династии. В Шаше, Ходженте, Отраре, Таразе сидели местные мелики. В некоторых городах сохранились представители духовной феодальной власти (садры в Бухаре). В Термезе в начале XIV века сложилась власть наследственных сеидов, известных под титулом худаванд-заде, особенно влиятельных в 30-60-х годах XIV века. С другой стороны, в стране у власти был откупщик Масудбек с подчиненными ему даругами, баскаками и военными монгольскими отрядами. Вспомним, какое огромное количество злоупотреблений порождала эта система при отце Масудбека — Махмуде Ялаваче. Злоупотребления если и уменьшились после ярлыка Мунке-хана (1251 —1259), но не настолько, чтобы можно было говорить о коренных переменах. Возрождение в хозяйственной области шло медленно; города, особенно Бухара и Самарканд, хранили еще следы разрушений нашествия Чингисхана.

Масудбек был очень богатым человеком, любил Бухару и обстраивал ее хорошими зданиями, из которых нужно отметить медресе «Масудийе», где обучалось около тысячи студентов. В Бухаре было еще одно прекрасное медресе — «Ханийе», — выстроенное матерью великого хана Мунке. Но обе эти постройки нельзя, однако, рассматривать как показатели хозяйственного подъема: они лишь исключение из общего правила — экономического и культурного упадка страны.

Кебек-хану, задумавшему прибрать к рукам управление страной, предстояло провести ряд мероприятий чисто административного порядка, да еще в обстановке сложных феодальных отношений. В самом факте членения Кебек-ханом Мавераннахра на тумены сказалось монгольское влияние. Монголы имели обыкновение территорию улуса (например, улус Джучи) делить в военно-административном отношении на «левое крыло» и «правое крыло», каждое из которых, в свою очередь, распадалось на тумены. Фактически с тумена как административной единицы почти никогда не собирали полного тумена, то есть 10 тысяч воинов.

Чтобы правильно представить эти тумены, нужно помнить, что они выкраивались в сугубо феодальной обстановке. Мавераннахр в это время представлял собой большое число мелких феодальных владений — светских и духовных, оседлых и кочевых. Так, Хутталян, область между Вахшем и Пянджем, был отдельным феодальным владением; Бухара и ее вилайет были духовным владением во главе с садром. Джелаиры, жившие в бассейне Ангрена, составляли также феодальное кочевое или полукочевое владение. Во главе его стоял бек (эмир).

Административная реформа Кебека не уничтожила феодальных княжеств с их владетелями, а приспособилась к ним: владения стали административными единицами — туменами, а владетели сделались наместниками. В условиях феодального общества наместничества были наследственными. Административная система, введенная Кебеком, не могла преодолеть центробежных феодальных тенденций, в чем заключается ее самое слабое место. Однако сколько бы ни имела эта реформа недостатков, ее нужно признать шагом весьма прогрессивным, сыгравшим положительную роль в деле развития государственности в Мавераннахре.

Реформы Кебека встречали в оседлом населении Мавераннахра самый сочувственный отклик. Иначе к ним относилась кочевая военная аристократия. После смерти Кебека она все мобилизовала, чтобы вернуть последующих ханов ко времени и политике Кайду и решениям Таласского курултая 1269 года. Началась вновь борьба между ханами и беками кочевых племен. На этой почве и был убит брат Кебек-хана хан Тармаширин (1326—1334). Одно время ставка чагатайского хана перенесена была даже в Семиречье. Ханскую ставку вернул в Мавераннахр хан Казан, последний Чингисид в мавераннахрской части Чагатайского улуса.

Казан-хан весьма настойчиво и умело продолжал политику Кебека. Главы чагатайских родов за это его остро ненавидели. Борьба возобновилась. Во главе недовольных стал бек Казаган. В сражении между Казан-ханом и Казаганом первый был убит. Власть в Мавераннахре попала в руки Казагана.

Казаган не именовал себя ханом, а ограничился титулом эмира. Для придания законности своим действиям он завел подставного хана из Чингисова дома. Вначале подставным ханом был Данишмендча, потом — Баян Кули-хан. От имени второго чеканились монеты. Правление Казагана (1346—1358) было ярким выражением воззрений и интересов кочевой военной аристократии, которая более всего заинтересована была в организации набегов и грабительских походов на соседние страны.

Зиму Казаган проводил в Сали-Сарае, лето — в Хутталяне, в городе Мунк (ныне развалины вблизи Ховалинга в Таджикистане) и его окрестностях. Для набегов Казаган избрал Герат и Гератскую область, находившиеся под властью династии Куртов. Казаган произвел большие опустошения в окрестностях Герата, забрал большую добычу, но Герат захватить не смог. В 1358 году на охоте Казаган был убит по прямому наущению монгольского хана Тимур- Кутлуга одним из его нойонов. Между прочим, в убийстве Казагана принял участие владетель Хутталяна — Кейхосрау.

После смерти эмира Казагана в Мавераннахре не было сильного правителя. Страна находилась в состоянии полной феодальной раздробленности. По словам Низам ад-дин Шами, в Мавераннахре в 50-х годах XIV века было несколько более или менее крупных владений, которые никому не подчинялись и враждовали друг с другом.

Шахрисабз (Кеш) с областью подчинялся Хаджи Барласу. Ходжентом и его вилайетом владел Баязид, глава джелаиров. Балх и часть вилайета находились в руках эмира Хусейна, внука Казагана. Родство с Казаганом давало Хусейну надежду поднять свой политический авторитет. Другой частью Балхского вилайета владел Илчи-Буга, по-видимому глава племени сульдуз. Шипурган захватил Мухаммед Ходжа Аперди. В горах Бадахшана своевольничали шахи Бадахшана. Хутталяном владел вышеупомянутый Кейхосрау и т.д.

Низам ад-дин Шами, перечисляющий все эти владения, замечает, что каждый из владетелей, даже обладавший небольшой военной силой, держал себя по отношению к другим владетелям высокомерно, вследствие чего в стране не прекращались раздоры и смуты, а дела государства пришли в полное расстройство. Более всего от этих смут страдали райаты (крестьяне).

С каждым годом положение Мавераннахра ухудшалось. Отсутствие сильного правителя в Мавераннахре хорошо было известно за пределами страны, и это обстоятельство прежде всего учел хан Моголистана Туглук-Тимур, который решил напасть на Мавераннахр, ограбить его и подчинить себе. В связи с этим Туглук-Тимур и провел два похода — 1360 и 1361 годов.