Среди многочисленных задач, предлагаемых ордену статутом 1539 года, преподавание в высших учебных заведениях даже не упоминается, а о войне с протестантизмом говорится только как о возможной задаче. Поэтому возникает вопрос: каким путем Игнатий пришел к видоизменению своей программы? Если иезуит должен был «стать всем для всех, чтобы приобрести всех», он должен был превосходить все круги, на которые он хотел воздействовать, не только энергией и рвением в делах веры, но и своим образованием. Никто не понял этого лучше Игнатия. Поэтому в воспитании неофитов ордена умственное развитие с самого начала занимало почти столь же важное место, как военная муштра характера и духовное воспитание.

Однако первоначально Игнатий отдавал образовательную функцию католическим университетам, которые, по его мнению, были более приспособлены для ее выполнения, нежели орден, загруженный массой других обязанностей. Но уже в начале 1540-х годов мы встречаем союзы студентов-иезуитов в Париже, Падуе, Коимбре, Алкале, Валенсии. Чаще всего они живут вместе в одном доме под руководством одного или нескольких священников ордена, которые следят за их занятиями и время от времени устраивают с ними репетиции и диспуты. Но лекции они слушают вместе с другими студентами у университетских преподавателей. Эта система имела ряд неудобств. Однако Игнатий некоторое время оставался верен ей, с одной стороны, потому, что не хотел обременять своих последователей, возлагая на них еще и преподавание в высших учебных заведениях; с другой стороны, потому, что видел в этих студенческих обществах лучшее орудие пропаганды в пользу ордена. Естественно, что еще меньше он хотел брать на себя образование и воспитание посторонних. Но знания его учеников и то искусство, с которым они вели диспуты, производили столь сильное впечатление, что он не мог отказаться от использования этих их качеств.

Уже в 1538 году Фабер, Ленец и Сальмерон по приказанию Павла III взяли на себя чтение лекций в Римском университете. В 1546 году наиболее могущественный покровитель ордена в Испании, герцог Франческо Борджиа, привлек французского иезуита Онфруа к преподаванию в университете Гандии, а в 1547 году иезуиты заняли все профессорские кафедры этого небольшого университета.

В конце того же года городской совет Мессины предложил устроить для ордена в местном университете коллегию на том условии, что генерал обяжется постоянно замещать четыре профессорские кафедры. Игнатий ответил согласием. Новая школа с семью профессорами-иезуитами была открыта на Пасху 1548 года. Успех ее был настолько велик, что к Игнатию стали со всех сторон обращаться с просьбами дать иезуитских профессоров, и в конце концов он перестал противиться превращению ордена в образовательный. Уже в 1549 году в Палермо была открыта вторая иезуитская гимназия. В то же время иезуиты начали преподавать в одном из немецких университетов — в Ингольштадте. В 1550 году была основана гимназия в Тиволи; 18 февраля 1551 года в Риме была открыта образцовая центральная школа ордена — римская коллегия; после Пасхи была освящена гимназия в Венеции, в июне школа в Вене, в июле гимназия в Ферраре, в октябре гимназия в Болонье. В 1552 году возникли коллегии во Флоренции, Неаполе, Падуе, Джуббио, Перудже, Модене и германская коллегия в Риме; в 1553 году — коллегии в Лиссабоне, Эворе, Монреале, в 1554-м — коллегии в Кордове, Коимбре и т. д. В течение шести лет орден захватил в свои руки преподавание во всей романской Южной Европе и стал твердой ногой в Германии. В 1554 году иезуитская школа уже сложилась — сложилась раньше, чем орден признал в качестве безусловного принципа необходимость взять в свои руки образование иезуитов.

Говорят, что прусский школьный учитель обеспечил Пруссии гегемонию в Германии. С гораздо большим основанием можно было бы сказать, что всюду, где протестантизм терпел поражение, победителем был учитель-иезуит, который обеспечил старой церкви победу во многих странах, уже успевших полностью или частично перейти к лютеранству. Господствующие классы, воля которых решала веру народов, были вновь завоеваны католицизмом только потому, что орден получил своего рода монополию преподавания в романских странах, в Польше и во многих немецких областях. Если представить себе карту Европы XVI века с нанесенными на нее ареалами распространения религий, то мы увидим на ней результат тех изменений, которые произвели школьные учителя-иезуиты в Европе в 1550-1556 годах. Еще многие годы после этого в умственной жизни католических наций можно было наблюдать влияние иезуитской школы, которая тогда пользовалась настоящей монополией в области преподавания в высших учебных заведениях.

Чем большее значение имеет этот факт, тем решительнее мы должны подчеркнуть то обстоятельство, что Игнатий сначала вовсе не думал о завоевании кафедры и решился на это лишь по причине настояний покровителей ордена. Тем не менее иезуитская школа, безусловно, его детище. И не только потому, что он наложил на нее печать своего гения, но и потому, что он провел с большой осторожностью и энергией преобразование ордена в образовательный орден, как только понял, какие плоды может принести иезуитам это новое поле деятельности.