15 марта 1545 года Павел III наконец созвал Вселенский собор в Триденте, в Южном Тироле. Среди немногочисленных участников, которые постепенно собирались в старую епископскую резиденцию на Эче, насчитывалось не менее трех иезуитов, двое из которых — Ленец и Сальмерон — были посланы самим папой. Ближайшее будущее должно было показать, насколько разумно поступил папа, послав их.

Чтобы не вызвать сразу недоверия у протестантов, собор, по желанию императора, должен был сначала обсудить церковную реформу и лишь потом перейти к догматам.

Но для папы было весьма важно отложить реформу и прежде всего осудить протестантскую ересь. Собор решил пойти навстречу его желанию. Но когда начались прения о догматах, немедленно выяснилось, что ряд выдающихся членов собрания сочувствуют протестантам в вопросах о Священном Писании, о первородном грехе, об оправдании верой. Необходимо было решительно выступить против этих опасных тенденций. Сделать это пытались многие, но никто не выполнил этой задачи с таким искусством и успехом, как иезуит Ленец.

Если Тридентский собор в первый период своих заседаний подтвердил схоластическое учение Средних веков об оправдании и, таким образом, окончательно сломал мост между католиками и протестантами, то это прежде всего заслуга Ленеца. Но его роль на этом соборе стала еще значительнее в течение второй (май 1551 — апрель 1552 годов) и третьей (январь 1562 — декабрь 1563 годов) сессий собора. До начала третьей сессии в Европе было еще много католиков, которые верили в возможность примирения с протестантами. На соборе эту точку зрения поддерживали две державы — Франция и Германия.

Император Фердинанд I требовал от собора весьма серьезных уступок: разрешения брака для священников, причастия под обоими видами, литургии на немецком языке, употребления народного языка в богослужении, реформы монастырей и, прежде всего, реформы папства. Французы предъявляли аналогичные требования. Таким образом, собор грозил, как опасался того папа Пий IV, стать слишком сильным лекарством для ослабевшего тела церкви. Участники собора спорили друг с другом с таким ожесточением, что в течение десяти месяцев нельзя было устроить ни одного общего заседания.

В феврале 1563 года положение казалось настолько безвыходным, что один пессимистически настроенный кардинал заявил, что власть папы неизбежно будет уничтожена. Но Рим всегда умел проявить необыкновенную ловкость. Мы уже знаем ту роль, которую сыграл в истории Игнатия кардинал Мороне. Этот преданный друг иезуитов, основатель Германской коллегии в Риме, в решительный момент, когда положение дел приняло для папства самый дурной оборот, сумел, работая за спинами участников собора, изменить сначала намерения императора, а затем при помощи искусно рассчитанных милостей привлечь на свою сторону одного за другим оппозиционных прелатов. «Ему более, чем кому-либо другому, обязана католическая церковь счастливым исходом собора». Но после Мороне никто на этом собрании не оказал больших услуг папству, чем Ленец.

Если папские легаты, председательствовавшие на соборе, все время должны были щадить оппозицию, то он мог открыто и безбоязненно защищать требования своего верховного командира, не поступаясь из них ни одной буквой. И он делал это. Ленец с непоколебимой логикой в речах и записках развивал догмат о папской непогрешимости, о безусловном превосходстве папы над всеми епископами и светскими властями. Несомненно, он не убедил оппозицию, но он помешал возведению ее взглядов в догматы и установил с никем не превзойденной точностью ту церковно-политическую программу, которую его орден, несмотря на временный перерыв, твердо проводил вплоть до провозглашения папской непогрешимости.

Его участие не сводилось лишь к предсказанию будущего и не ограничивалось областью догматических вопросов. Постановления собора, касающиеся церковной реформы, также носят на себе печать его влияния и влияния его товарищей. Именно он предложил воспитывать всех священников в семинариях, где ни малейшее дуновение еретических мнений не могло бы помешать их подготовке, а его старый друг Сальмерон провел знаменитое постановление о браке, требовавшее для заключения брака присутствия приходского священника одного из вступающих в брак.

Таким образом, молодой орден наложил в известной степени свой отпечаток на прения и постановления этого великого церковного парламента. Ему суждено было еще раз оказать столь же решительное влияние на судьбы католической церкви — на Ватиканском соборе 1869—1870 годов. Здесь дух Ленеца добился окончательной победы над эпигонами оппозиции Тридентского собора.

Мрачные предчувствия папы Пия IV не оправдались. Сильное лекарство собора, сверх всякого ожидания, помогло расслабленному телу церкви. Крепко сплотившись в своем единстве, она не только принялась за восстановление своего внутреннего порядка и искоренение массы старых злоупотреблений, но и смогла, полная сознания своих сил, прекрасно вооруженная, горя желанием борьбы, вступить в бой с рассеянными батальонами протестантизма. Мировой курс снова изменился. Рим опять одержал верх над Виттенбергом и даже над Женевой. «Антихрист», как его звали протестанты, напряг все свои силы, чтобы в ожесточенной войне с протестантами снова воздвигнуть свой трон, и с этой целью разослал во все стороны иезуитов, в качестве своих главных борцов.