По словам очевидца, господство Ивана тяжело отозвалось на благосостоянии Дерпта; были разрушены гробницы католических епископов; многие каменные дома лежали в развалинах; одна из католических церквей обращена была в амбар. По рассказу Гейденштейна, русские, уходя из города, пытались поджечь его, но неудачно — огонь был потушен вовремя солдатами Замойского. Он рассказывает также о попытке взорвать при помощи пороховых мин замок, в котором Замойский остановился: это было сделано, вероятно, в отмщение за адскую машину, посланную князю Шуйскому.