С письменностью в Хазарском каганате дело обстоит так же загадочно, как и со многим другим. Еще в VI или VII веках у тюркских племен Центральной Азии появилось руническое письмо на основе согдийского алфавита. Известны обширные надписи, высеченные на стелах в честь тюркского владыки Бильге-Кагана и полководца Кюль-Тегина в поминальных храмах на территории современной Монголии. Прочтены и многие другие центральноазиатские рунические надписи этой эпохи.

Несколько десятков надписей, сделанных тюркским руническим письмом, были найдены и на территории Хазарского каганата. Большая их часть процарапана на каменных блоках крепостей: Маяцкой на Среднем Дону и Хумаринской в горах Центрального Кавказа. Несколько надписей открыто на Нижнем Дону — на костяных обкладках луков из воинских погребений в курганах «с квадратными ровиками». Также с Нижнего Дона происходят относительно длинные надписи на двух глиняных баклажках — походных флягах, распространенных у кочевников. Баклажки эти хранятся в Новочеркасском Музее истории Донского казачества, но обстоятельства их находки неизвестны. Скорее всего они, как и луки, были найдены в хазарских курганах. Руны процарапаны на нескольких византийских солидах, найденных в «курганах с ровиками».

В известном письме киевских евреев, написанном в X веке, в конце документа стоит дописанная другой рукой короткая руническая надпись. Письмо это было адресовано к зарубежным иудейским общинам с просьбой собрать деньги для их единоверца, оказавшегося в стесненных обстоятельствах и угодившего в долговую тюрьму (он был поручителем по долгам своего брата, которого убили и ограбили разбойники). Киевские евреи собрали большую часть необходимых денег, и узник был отпущен на свободу, но ему надлежало внести еще 40 монет (вероятно, золотых), и он отправился в путешествие по миру, заручившись рекомендательным письмом уважаемых членов киевской общины, в котором подтверждалась его горестная история. Почему-то текст письма завизирован внизу рунической надписью — есть предположение, что она была сделана хазарским таможенным чиновником. По мнению исследователей хазарской письменности Н. Голба и О. Прицака, надпись буквально означает: «Я прочел (это)». Впрочем, многие специалисты считают их перевод произвольным.

Удовлетворительно расшифровать «хазарские» рунические надписи пока никому не удалось. Они сильно отличаются от тюркских надписей Центральной Азии. Кроме того, среди них выделяются два варианта: донской и кубанский. Возможно, донской вариант следует связывать с тюрко-хазарами, а кубанский — с болгарами, расселившимися на Кубани еще со времен хана Куврата или даже ранее.

На территории Хазарии находят и знаки другого рода — типичные сармато-аланские тамги, относящиеся к иранской культурной традиции. Эти знаки появились у сарматов еще на рубеже эр и стали очень популярны — иногда на один предмет наносилось до нескольких десятков таких знаков. Но тамги не являются письменностью или ее разновидностью, это знак рода или клана, знак собственности, которым «клеймились» различные предметы. Тамги могли ставиться в связи с каким-либо важным событием: свадьбой, обрядом побратимства, строительством, в котором принимали участие родственники — представители клана. Это мог быть и личный знак мастера или клана мастеров-ремесленников, например гончаров. Характерные гончарные аланские тамги-клейма (в частности, в виде креста) встречаются на днищах столовых и кухонных сосудов: кувшинов, горшков, кружек, кубышек. Эта керамика в большом количестве изготовлялась во многих регионах Хазарии. Большинство мастеров, использовавших такие клейма, вероятно, были аланского происхождения.

Тамги найдены на стенах многих крепостей Хазарии: Маяцкой, Хумаринской, Саркела, Правобережного Цимлянского городища. Вероятно, они говорят об участии аланских мастеров в строительстве. Возможно, знаком на одном из блоков метилась целая партия стеновых блоков после их изготовления в каменоломнях, другой знак мог ставиться мастером или «приемщиком работ» на готовом участке крепостной стены.

Возможно, хазары перенимали у алан отдельные тамги и использовали их в дальнейшем как свои, а тюркские руны, в свою очередь, могли усваиваться аланами в качестве новых тамг. Иногда тамги и руны соседствуют друг с другом. Их можно видеть рядом на стенах некоторых крепостей, например Маяцкой и Хумаринской. И тюркские руны, и аланские знаки есть на предметах поясной гарнитуры из Мартыновского клада в Поднепровье. На территории Хазарии находят множество игральных костей-астрагалов с разнообразными символическими знаками, среди них также встречаются и руны, и близкие к тамгам знаки. Астрагалы эти могли использоваться не только для игры, но и для магических действий, например гадания.

Вообще, разного рода магия и амулеты были в каганате весьма популярны. Его жители часто носили талисманы с солярными символами, в том числе свастикой, изображениями птиц. Во многих погребениях археологи находят ожерелья-обереги, сделанные из костей животного, которое было покровителем человека или всего его рода. На женщин часто надеты ожерелья из пястных косточек зайца и лисы. Известно, что в аланской мифологии лиса была покровителем женщин, в частности рожениц, и в данном случае мифология хорошо подтверждается археологией.

Иногда женщины носили амулеты, которые на сленге археологов называются «самоварчиками», — это две миниатюрных чаши на ножках, соединенные друг с другом широкими краями и образующие единую полость. Высказывалось мнение, что они отражают древнейшее представление об устройстве вселенной, состоявшей из двух «чаш» — неба и земли, дня и ночи (подобные представления существуют в древнеиндийской мифологии). Встречаются и другие парные фигурки: стилизованные изображения верблюдов, птиц или лошадей, соединенные по принципу «тяни-толкая», — их происхождение и смысл до сих пор не разгаданы.

Очень редкой, но крайне интересной находкой являются небольшие глиняные «лепешки» с оттиснутыми на них до обжига точками, образующими круги или расходящиеся от центра лучи. Ученые считают эти предметы символическим обрядовым «хлебом». Они могли быть домашними оберегами или использоваться в ритуалах, связанных с земледельческими языческими культами.