Трофим Корниенко учился в Институте востоковедения им. Нариманова, в 1933–1934 годах служил помощником уполномоченного, затем уполномоченным 4-го отделения Особого отдела ОГПУ (возможно, был знаком с Кимом). Работал в других отделениях Особого отдела. После реорганизации ГУГБ оставлен в 3-м (контрразведывательном) отделе, служил начальником отделения, при Берии повышен до заместителя начальника отдела, с июня 1939 года — начальник 3-го отдела ГУГБ.