В то время как проводится первичное словесное внушение, то есть на наиболее раннем этапе сеанса, очень активно работают участки коры мозга, которые отвечают за сонное торможение. Такое торможение – сложный процесс. Он значительно отличается от простого сна, при котором человеческий мозг отдыхает целиком, за исключением отделов, отвечающих за поддержание жизнедеятельности и за сны. В случае торможения мозг отдыхает не полностью, потому что в коре больших полушарий ещё функционируют отдельные элементы, остающиеся активными. Они играют необычную роль «пунктов охраны», и именно через них проводит связь врач-гипнотизёр с больным. Стоит добавить, что после сеанса гипноза многие пациенты засыпают самым обыкновенным сном, давая мозгу возможность восстановиться после тяжелых нагрузок.

На отвечающих за разные функции участках мозга степень и скорость торможения заметно различаются. Это объясняется тем, что участки коры способны работать в одном из нескольких фазовых состояний. Такие состояния возникают в процессе переходов между сном и бодрствованием. В зависимости от того, в какой фазе в данный момент находится мозг, будет по разным сценариям развиваться реакция загипнотизированного на внешние раздражители. Допустим, уравнительная фаза отличается тем, что все раздражители разной силы обладают совершенно одинаковым воздействием, то есть громкие звуки будут обрабатываться мозгом так же, как самый тихий шепот. А при парадоксальной фазе степень воздействия изменяется, влияние слабого раздражителя, например, в виде едва слышного слова во много раз значительнее, чем сильного. К сильным раздражителям можно отнести боль, холод или жар, сильные вкусы. И именно на этом физиологическом процессе основан зафиксированный обезболивающий эффект гипноза.

Благодаря особенностям работы мозга в парадоксальной фазе больной под гипнозом может не почувствовать горечь таблетки хинина, перестать ощущать боль при медицинской обработке обожжённой руки или даже при небольших хирургических вмешательствах, например, при вскрытии нарыва. Слова гипнолога вызывают у пациента в конкретном участке головного мозга серьезный очаг возбуждения и усиливают торможение вокруг этой области. Как результат, загипнотизированный человек не может воспринимать ничего из того, что происходит вокруг, кроме специально внушаемых врачом установок. Также после сеанса пациент совершенно ничего не помнит, кроме непосредственного содержания внушённого и установок, которые он и выполняет. Однако иногда так случается, что гипнотизируемый человек может успешно сопротивляться внушению.

При гипнотическом сне, в точности так же, как и при естественном, протекают изменения в поведении вегетативной нервной системы. Следовательно, изменяются и все функции в организме, которые данная система регулирует. Это процессы желудочной секреции, сердцебиения, кроветворения, потоотделения и другие. Именно поэтому обыкновенный гипноз длительностью более трёх часов врачи считают адекватной заменой лечебному сну и отдыху.

В гипнотическом состоянии принято выделять три поочередно приходящие одна за другой стадии реагирования нервной системы.

Каталептическая стадия: человек находится в неподвижном состоянии, взгляд гипнотизируемого направлен в одну точку, пациент не может по своей воле двигать руками и ногами, менять положение тела в пространстве по своему желанию.

Летаргическая стадия: при нахождении в ней мускулатура расслабляется, снижается чувствительность, человек находится под гипнозом, он крепко спит.

Сомнамбулическая стадия: загипнотизированный на этом этапе вялый, не может самостоятельно действовать. При этом мышечная ткань почти полностью сохраняет свою работу, а вот функции анализа или иные умения, требующие сознательных усилий, не проявляются по своей воле. Человек на данной стадии гипноза фактически превращается в сомнамбулу, это означает, что он автоматически и бездумно выполняет приказы, которые исходят от гипнотизера, причем даже самые невероятные. Как правило, после пробуждения человек не может вспомнить ничего о том, что делал и что совершал.

Доступно и понятно физиологический процесс внушения описал гипнотизер Пирогов в своем труде «Гипноз: феноменология повседневности». Вот что он пишет: «В пределах моделей можно сказать, что есть два брата: один интеллектуал, но слабак (это сознание), а другой просто житейски умен, но чрезвычайно силен (это подсознание); либо представить айсберг с малой надводной (сознание) и огромной подводной (бессознательное) частями. Притом «телефонный провод» вывода информации у них один, и сознание «болтает по нему непрерывно». Следствие: чем серьёзней работа, тем надёжнее следует отключать сознательный контроль («спихивать сознание с провода»), работая с подсознанием человека, а это позволяет сделать в полной мере именно гипноз».