В Новосибирске Шаргей-Кондратюк построил знаменитый «Мастодонт» – огромный деревянный элеватор на 10 тысяч тонн зерна, причем, без чертежей и единого гвоздя – гвозди и железо были тогда в дефиците. Но именно за это изобретатель был обвинен во вредительстве и арестован. Начальство считало, что такой элеватор неминуемо развалится. Хотя он простоял потом 60 лет. В 1931 году Шаргей-Кондратюк был осужден на три года лагерей, но потом его перевели в Новосибирск в «шарашку» – специализированное бюро для заключенных-инженеров. Там он начал проектировать ветроэлектростанции. Свой проект он отправил в Москву, и завоевал там первое место на конкурсе. По его проекту в районе станции Перловка была построена пятидесятиметровая башня для ВЭС. Во время войны ее повалили – это был хороший ориентир для гитлеровцев при обстрелах столицы.

Во время одной из поездок в столицу он познакомился с Сергеем Королевым, который возглавлял тогда Группу изучения реактивного движения – ГИРД, и тот предложил ему перейти к нему на работу. Но Шаргей-Кондратюк отказался. Прочитав вопросы анкеты, которую необходимо было заполнить для поступления в ГИРД, бывший белогвардеец понял: после тщательной проверки НКВД всех данных ему грозят разоблачение и расстрел.

Вскоре грянула война, и Шаргей-Кондратюк пошел добровольцем в народное ополчение. Был зачислен телефонистом в роту связи 2-го стрелкового полка Московской дивизии. Согласно одним данным, погиб и был похоронен у деревни Кривцово Калужской области. Но по сведениям из других источников, пропал без вести. Это породило легенду о том, будто Шаргей остался жив и попал в плен к немцам. Узнав, что их пленный – выдающийся ученый, немцы будто бы тайно вывезли его в Германию, где Вернер фон Браун проводил секретные работы по созданию «тайного оружия фюрера» – боевых ракет «Фау». А после поражения Германии, американцы якобы вместе с фон Брауном переправили его в США. Там он принял участие в разработке американских космических программ, в том числе – и в проекте «Аполлон» по высадке человека на Луне.