Когда власть в России захватили большевики, начались невиданное гонения на религию, разгром храмов, расстрелы священников, глумление над святыми мощами. 17 декабря 1920 года мощи преподобного Серафима, хранившиеся в Дивеевском монастыре под Арзамасом, были вскрыты, а позднее увезены в неизвестном направлении. В 1922 году Анна Ахматова, которую Сталин называл «монашенкой», потрясенная святотатством, написала: «…И выходят из обители, Ризы древние отдав, Чудотворцы и святители, Опираясь на клюки. Серафим – в леса Саровские, Стадо сельское пасти…» Намек поэтессы был ясен, в годы яростных гонений на религию, верующим и их пастырям не оставалось ничего другого, как делать это тайно, «в лесах».

Вероятно, некоторое время мощи святого находились в Страстном монастыре в Москве, но в 1934 году монастырь был взорван и реликвии исчезли. Это, впрочем, соответствовало предсказанию самого Серафима, который говорил, что его мощи в годину гонений будут утрачены, а потом будут снова найдены. Обретены они были уже только после краха СССР.