Но, увы, нет пророка в своем отечестве. В то время в российской Академии наук царили застой и засилье немецкой профессуры, а в администрации, которое ее курировало, заправляли матерые консерваторы. Академик Крафт и вся немецкая группа сначала препятствовала принятию Петрова в академики, а когда это им не удалось, активно мешали его работе. Так, Крафт отказался в 1803 году представить Академии наук книгу Петрова, как того требовали правила. Не случайно чуть позже Пушкин в едкой эпиграмме так охарактеризовал царившие там застойные нравы:
В Академии наук Заседает князь Дундук. Говорят, не подобает Дундуку такая честь; Почему ж он заседает? Потому что ж… есть.
Не нашел Петров общего языка с князем Уваровым, президентом Академии наук, а позднее министром просвещения. На все просьбы ученого выделить средства для закупки новейшего оборудования для его физического кабинета, тот отвечал демонстративным отказом. В знак протеста не возмущенный Петров не явился на похороны Александра I. Этого власти ему простить не могли – ученого отстранили от руководства физическим кабинетом, а труды запретили печатать. Вскоре он был уволен и из Медико-хирургической академии. Потрясенный и раздосадованный гений физики вскоре умер. Его могила на Смоленском кладбище в Петербурге затерялась. Не сохранилось даже достоверных портретов ученого.