В феврале 1949 года в Ленинград из Москвы прибыл Георгий Маленков со свитой, а потом большая группа чекистов. Он огласил в Смольном постановление Политбюро «Об антипартийных действиях» руководителей города, которые якобы пытались обособить Ленинград от Москвы. «Принизили роль великого Сталина!», – в ярости кричал он. Начался разгром партийной организации города по сфабрикованному так называемому «ленинградскому делу». Пошли аресты, массовые увольнения. Музей Обороны Ленинграда был разгромлен. Экспонаты выбрасывали на улицу, бесценные документы и фотографии сжигали, картины рвали и резали, скульптуры разбивали молотками, а пушки и самолеты отправили на переплавку. Во дворе пылали костры, на которых сжигали историю блокады. Создателей экспозиции обвинили в том, что они, якобы в террористических целях, сконцентрировали в музее большое количество оружия и готовили покушение на Сталина, хотя все орудия были в нерабочем состоянии, с просверленными стволами. Другое обвинение состояло в том, что в музее будто бы имело место «политически вредное изображение страданий и лишений ленинградцев».

В апреле 1950 года Раков, как один из организаторов «порочной экспозиции в Музее обороны Ленинграда», был снова арестован и отправлен в Лефортово. Вел его дело подполковник Дворный – один из лучших специалистов в Лефортово «по вышибанию зубов и ломке ребер». Как потом стало известно, ученый держался на допросах мужественно и никого из своих коллег не оговорил. Приговор гласил: «Двадцать пять лет тюремного заключения, с поражением в правах на пять лет с конфискацией всего лично принадлежащего ему имущества». Спустя много лет он с присущей ему иронией рассказывал, что тогда подумал: «Ну ладно, двадцать пять лет тюрьмы – куда ни шло, но потом в течение пяти лет не голосовать – нет, это уже слишком жестоко!»